5Z49型

长聚球藻CmpR与核酮糖-1,5-二磷酸配合物效应结合域的晶体结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.15 Å
  • R值自由:0.241 
  • R值工作:0.188 
  • 观察到的R值:0.191 

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文学类

细长聚球藻CmpR与1,5-二磷酸核酮糖复合物中效应结合域的晶体结构。

D.M.马洪加。Sun,H。江,Y.L。

(2018)《晶体学报F结构生物通讯》74: 506-511

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S2053230X18008841
  • 相关结构的主要引文:
    5Z49型

  • PubMed摘要:

    首席执行官2-浓缩机制(CCM)已进化为提高自养蓝藻的光合作用效率。CmpR是一种来自细长聚球藻PCC 7942的LysR型转录调节器(LTTR),在低CO浓度下可调节CCM相关基因2条件。在这里,CmpR(CmpR-EBD)的效应结合域与共激活剂1,5-二磷酸核酮糖(RuBP)的复合物的二聚体结构在2.15被报道奥分辨率。一个RuBP分子与CmpR-EBD二聚体的两个亚单位之间的域间间隙结合。结构比较和序列分析表明,CmpR-EBD的整体结构与已知结构的LTTR相似,但具有明显不同的效应结合模式。


  • 组织附属关系以下为:

    中国科技大学生命科学学院和合肥微尺度物理科学国家实验室,安徽合肥230027,中华人民共和国。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
HTH型转录激活物CmpRA[认证B],
B[认证A]
239细长聚球藻PCC 7942=FACHB-805突变: 0 
基因名称:cmpR(立方厘米)Syncc7942_1310
UniProt公司
寻找蛋白质问题9F1R2 (细长聚球藻(ATCC 33912/PCC 7942/FACHB-805菌株)
转到UniProtKB:问题9F1R2
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团问题9F1R2
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体1独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
俄罗斯卢布
RUB查询

下载理想坐标CCD文件
C[认证A]1,5-二磷酸核糖
C5H(H)12O(运行)11P(P)2
亚扎布JORDUQGO-NQXXGFSBSA-N
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.15 Å
  • R值自由:0.241 
  • R值工作:0.188 
  • 观察到的R值:0.191 
  • 空间组:第2页12121
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=62.57α = 90
b=86.7β = 90
c=87.18γ = 90
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精炼
HKL-2000数据缩减
HKL-2000数据缩放
摩尔代表阶段划分

结构验证

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进入历史和资金信息

存款数据


资金筹措组织位置授权编号
国家自然科学基金中国31630001
国家自然科学基金中国31500598

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2018-10-10
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2023-11-22
    更改:数据收集、数据库引用、细化描述、结构摘要