4ZVH型

大肠杆菌DosC-型IV GGDEF结构域的晶体结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:3.30 Å
  • R值自由:0.252 
  • R值工作:0.200 
  • 观察到的R值:0.203 

启动型号:实验的
查看更多详细信息

wwPDB验证  3D报告 完整报告


这是条目的1.1版。查看完整信息历史


文学类

一种氧调节二胍酸环化酶的结构分析。

M.塔尔纳夫斯基。巴伦兹,T.R。Schlichting,I。

(2015)Acta Crystallogr D生物晶体仪71: 2158-2177

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S139900471501545X
  • 相关结构的主要引文:
    4ZVA型,4ZVB型,4ZVC型,4ZVD型,4ZVE型,4ZVF型,4ZVG公司,4ZVH型

  • PubMed摘要:

    Cyclic di-GMP是一种细菌的第二信使,参与运动和静止生活方式的转换。鉴于生物膜形成在医学上的重要性,人们越来越有兴趣了解环状二-GMP的合成和降解及其在各种细菌病原体中的调节。通过与GGDEF和EAL或HD-GYP结构域耦合的感测域检测环境线索,这些结构域分别具有二胍酸环化酶和磷酸二酯酶活性,产生并降解环二甘氨酸。大肠杆菌蛋白DosC(也称为YddV)由属于球蛋白传感器类别的一个氧敏感域组成,该氧敏感域通过之前未经特征化的中间域与C端GGDEF域耦合。DosC是大肠杆菌中表达最强烈的GGDEF蛋白之一,但迄今为止,关于该蛋白及其相关蛋白的结构信息很少。在这里,描述了载脂蛋白和底物结合形式的含氧球蛋白结构域、中间结构域和催化GGDEF结构域的高分辨率结构特征。传感器珠蛋白结构域中铁(III)和铁(II)形式之间的结构变化表明了氧依赖性调节机制。将单个结构域上的结构信息组合到二聚体DosC全蛋白模型中。这些发现对环化酶域活性的氧依赖性调节具有直接意义。


  • 组织附属关系

    德国海德堡Jahnstrasse 29,69120,马克斯·普朗克医学研究所生物分子机制部。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
二胍酸环化酶剂量C172大肠杆菌K-12突变: 0 
基因名称:dosC公司Z2219号ECs2095标准
欧盟委员会:2.7.7.65
UniProt公司
寻找蛋白质P0AA89 (大肠杆菌(K12菌株))
探索P0AA89 
转到UniProtKB:P0AA89
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P0AA89
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体1独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
二氧化硫
SO4查询

下载理想坐标CCD文件
C[认证A],
D[认证B]
硫酸根离子
O(运行)4S公司
QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:3.30 Å
  • R值自由:0.252 
  • R值工作:0.200 
  • 观察到的R值:0.203 
  • 空间组:第3页12 1
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=130.07α = 90
b=130.07β = 90
c=59.07γ = 120
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精细化
XDS公司数据缩减
XSCALE公司数据缩放
相位器定相

结构验证

查看完整验证报告



进入历史记录

存款数据

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2015-11-11
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2024-01-10
    更改:数据收集、数据库引用、优化描述