4ZVG公司

大肠杆菌DosC-型III GGDEF结构域的晶体结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.20 Å
  • R值自由:0.252 
  • R值工作:0.208 
  • 观察到的R值:0.210 

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文学类

一种氧调节二胍酸环化酶的结构分析。

Tarnawski,M。巴伦兹,T.R。斯利希廷,I。

(2015)晶体生物学学报71: 2158-2177

  • DOI(操作界面):https://doi.org/10.107/S139900471501545X
  • 相关结构的主要引文:
    4ZVA型,4ZVB型,4ZVC型,4ZVD型,4ZVE型,4ZVF型,4ZVG公司,4ZVH型

  • PubMed摘要:

    Cyclic di-GMP是一种细菌的第二信使,参与运动和静止生活方式的转换。鉴于生物膜形成在医学上的重要性,人们越来越有兴趣了解环状二-GMP的合成和降解及其在各种细菌病原体中的调节。通过与GGDEF和EAL或HD-GYP结构域耦合的感测域检测环境线索,这些结构域分别具有二胍酸环化酶和磷酸二酯酶活性,产生并降解环二甘氨酸。大肠杆菌蛋白DosC(也称为YddV)由属于球蛋白传感器类别的一个氧敏感域组成,该氧敏感域通过之前未经特征化的中间域与C端GGDEF域耦合。DosC是大肠杆菌中表达最强烈的GGDEF蛋白之一,但迄今为止,关于该蛋白及其相关蛋白的结构信息很少。在这里,描述了载脂蛋白和底物结合形式的含氧球蛋白结构域、中间结构域和催化GGDEF结构域的高分辨率结构特征。传感器珠蛋白结构域中铁(III)和铁(II)形式之间的结构变化表明了氧依赖性调节机制。将单个结构域上的结构信息组合到二聚体DosC全蛋白模型中。这些发现对环化酶域活性的氧依赖性调节具有直接意义。


  • 组织附属关系

    德国海德堡Jahnstrasse 29,69120,马克斯·普朗克医学研究所生物分子机制部。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
二胍酸环化酶剂量C172大肠杆菌K-12突变: 0 
基因名称:剂量控制yddV型1490元JW5241型
欧盟委员会:2.7.7.65
UniProt公司
寻找蛋白质P0AA89型 (大肠杆菌(K12菌株))
探索P0AA89型 
转到UniProtKB:P0AA89型
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P0AA89型
序列注释
展开
  • 参考序列
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.20 Å
  • R值自由:0.252 
  • R值工作:0.208 
  • 观察到的R值:0.210 
  • 空间组:第2页12121
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=53.78α = 90
b=58.93β = 90
c=113.62γ = 90
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精炼
XDS公司数据缩减
XSCALE公司数据缩放
相位器阶段划分

结构验证

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条目历史记录

存款数据

修订历史记录(完整详细信息和数据文件)

  • 版本1.0:2015-11-11
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2024-01-10
    更改:数据收集、数据库引用、优化描述