4ZKK号

d的新型双折叠结构(GCATGCATGC)


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.80 Å
  • R值自由:0.246 
  • R值工作:0.229 
  • 观察到的R值:0.231 

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文学类

d的新型双折叠结构(GCATGCATGC):一种可能的三重重复序列模型

Thirugnanasambandam,A。卡提克,S。P.K.曼达尔。北卡罗来纳州高萨姆。

(2015)Acta Crystallogr D生物晶体仪71: 2119-2126

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S1399004715013930
  • 相关结构的主要引文:
    4ZKK号

  • PubMed摘要:

    十脱氧核糖核苷酸d(GCATGCATGC)的结构以1.8º的分辨率呈现。十聚体采用了一种新型的双折叠结构,其中主链的前进方向在两个胸腺嘧啶残基处发生变化。串内堆积相互作用(包括核糖部分的内基O原子与相邻嘌呤碱之间的相互作用)、氢键和钴离子相互作用稳定了单链的双折叠结构。两条这样的双折叠链在晶体中聚在一起形成二聚体。品牌间Watson-Crick氢键形成四个碱基对。十聚体结构的这一部分与之前报道的其他寡核苷酸结构中观察到的结构相似,被称为“bi-loop”。双折叠单链结构和二聚双环结构都是构建三重重复DNA序列模型的起点,这与许多人类疾病有关。


  • 组织附属关系

    印度泰米尔纳德邦钦奈金迪校区马德拉斯大学结晶学和生物物理科学院,邮编:600 025。


大分子

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实体ID:1
分子链条长度有机体图像
DNA(5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')10综合构造
序列注释
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  • 参考序列
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.80 Å
  • R值自由:0.246 
  • R值工作:0.229 
  • 观察到的R值:0.231 
  • 空间组:第6页22 2
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=34.64α = 90
b=34.64β = 90
c=89.601γ = 120
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精炼
Mx CuBE公司数据收集
MOSFLM公司数据处理
菲尼克斯阶段划分
MOSFLM公司数据缩减
无目标的数据缩放

结构验证

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  • 版本1.0:2015-10-14
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    更改:数据收集、数据库引用、派生计算