4X5J型

750 MPa下,ecDHFR与叶酸和NADP+络合


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.85 Å
  • R值自由:0.264 
  • R值工作:0.203 
  • 观察到的R值:0.206 

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文学类

大肠杆菌二氢叶酸还原酶与叶酸和NADP复合物的高压蛋白晶体结构分析。

纳盖,T。H.山田。北岛渡边。

(2018)Acta Crystallogr D Struct Biol公司74: 895-905

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S2059798318009397
  • 相关结构的主要引文:
    4X5F型,4X5G型,4X5H型,4X5I型,4x5英寸,5Z6F型,5Z6J型,5Z6K型,5Z6L型,5Z6M型

  • PubMed摘要:

    对大肠杆菌二氢叶酸还原酶(ecDHFR)与叶酸和NADP的络合物进行了高压晶体学研究+在高达800 MPa的高压条件下,晶体形式包含M20回路的开放和闭合构象。在270至500 MPa的压力下,含有开放构象的晶体形态从P2发生相变1至C2。在高压下观察到ecDHFR的几个结构变化,同时伴随着NADP的结构变化+辅因子和水合结构。在闭合构象的晶体形式中,M20环随着压力的变化而移动,伴随着活性位点周围的构象变化,包括NADP+和叶酸。这些运动与所建议的假设一致,即M20环的运动是ecDHFR催化反应所必需的。NADP的烟酰胺环以开放构象的晶体形式存在+尽管辅酶处于结晶状态,但作为反应的中间步骤,它会经历一次大的翻转。此外,对Arg57和叶酸之间的水分子的观察阐明了底物结合途径的早期步骤。这些结果证明了使用高压蛋白质晶体学作为捕获与蛋白质反应循环相关的高能亚态或瞬态结构的方法的可能性。


  • 组织附属关系

    日本名古屋464-8603,Chikusa,名古屋大学同步辐射研究中心。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
二氢叶酸还原酶162大肠杆菌K-12突变: 0 
基因名称:folA公司tmrA(tmrA)b0048号JW0047号
欧盟委员会:1.5.1.3
UniProt公司
寻找蛋白质P0ABQ4号机组 (大肠杆菌(K12菌株))
转到UniProtKB:P0ABQ4号机组
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P0ABQ4号机组
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体3独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
国家行动计划
NAP查询

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C[授权A]NADP烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸盐
C类21H(H)28N个7O(运行)17P(P)
XJLXINKUBYWONI-NNYOXOHSSA-N公司
FOL公司
FOL查询

下载理想坐标CCD文件
B[认证A]叶酸
C类19H(H)19N个7O(运行)6
OVBPIULPVIDEAO-LBPRGKRZSA-N公司
BME公司
BME查询

下载理想坐标CCD文件
D[身份验证A]β-巯基乙醇
C类2H(H)6操作系统
DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.85 Å
  • R值自由:0.264 
  • R值工作:0.203 
  • 观察到的R值:0.206 
  • 空间组:C 1 2 1
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=73.88α = 90
b=58.594β = 107.1
c=38.201γ = 90
软件包:
软件名称目的
REFMAC公司精细化
HKL-2000数据缩放

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  • 版本1.0:2016-01-13
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2018-09-19
    更改:数据收集、数据库引用、派生计算
  • 版本1.2:2024-04-03
    更改:咨询、数据收集、数据库参考、衍生计算