4WO0型

转甲状腺素与芹菜素复合物的晶体结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.34 Å
  • R值自由:0.206 
  • R值工作:0.185 
  • 观察到的R值:0.186 

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文学类

不对称配体与转甲状腺素结合的结构证据。

西安奇,M。C.福利。佐塔,F。弗洛里奥,P。R.伯尼。G.扎诺蒂。

(2015)Acta Crystallogr D生物晶体仪71: 1582-1592

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S1399004715010585
  • 相关结构的主要引文:
    4WNJ型,4英寸,4WO0型

  • PubMed摘要:

    人转甲状腺素(TTR)是淀粉样蛋白的一个显著例子,几种能够稳定其天然状态的化合物已被认为是治疗TTR淀粉样变性的有效药物。TTR四聚体中的两个甲状腺素(T4)结合位点显示负结合协同性。在这里,已经确定了TTR与三种天然多酚(蝶啶、槲皮素和芹菜素)复合物的结构,其中这种不对称表现为存在一个具有明确配体占据率和相关电子密度的主结合位点和一个配体占据度低得多的第二个次要位点。对两个结合位点之间的结构差异的分析结果与这种结合不对称性一致。TTR配体饱和四聚体蛋白两个T4结合位点的能力不同,这可能是因为配体对较弱结合位点的亲和力不同。相比之下,在相同实验条件下共结晶的高亲和力配体tafamidis能够完全饱和两个T4结合位点。这种不对称性的特征是两个结合位点的空腔构象存在微小但显著的差异。分子动力学模拟表明,溶液中存在更大的差异。在溶液中进行的竞争结合分析表明,多酚类翼手龙和槲皮素在TTR中存在一个优先结合位点,与T4的优先结合位点不同。通过使用两种药物的混合物,可以利用TTR结合不对称性来治疗TTR淀粉样变,每种药物对不同的结合位点都表现出优先结合,从而有利于四聚体蛋白的饱和,从而使其稳定。


  • 组织附属关系

    EMBL汉堡分站,转交DESY,Building 25a,Notkestrasse 85,22603 Hamburg,Germany。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
透明质酸127智人突变: 0 
基因名称:TTR公司PALB(巴林)
UniProt&NIH共同基金数据资源
寻找蛋白质P02766号 (智人)
探索P02766号 
转到UniProtKB:P02766号
PHAROS公司:P02766号
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P02766号
序列注释
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  • 参考序列
小分子
配体1独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥2D图表3D交互
AGI公司
AGI查询

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C[认证A],
D[认证B]
5,7-二羟基-2-(4-羟基苯基)-4H-色酮-4-酮
C类15H(H)10O(运行)5
KZNIFHPLKGYRTM-uhffaoysa-N
绑定相关性批注
身份证件来源绑定相关性
AGI公司 绑定数据库: 4WO0型 肯尼亚:250(nM),来自1次分析
IC50:最小值:653,最大值:1.80e+4(nM),来自2次分析
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.34 Å
  • R值自由:0.206 
  • R值工作:0.185 
  • 观察到的R值:0.186 
  • 空间组:第2页1212
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=42.66α = 90
b=85.739β = 90
c=63.978γ = 90
软件包:
软件名称目的
菲尼克斯精炼

结构验证

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  • 版本1.0:2015-08-05
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