4MNP公司

核梭杆菌亚种唾液酸结合蛋白的结构。核植物ATCC 25586


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.50 Å
  • R值自由:0.255 
  • R值工作:0.213 
  • 观察到的R值:0.215 

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文学类

细菌周质唾液酸结合蛋白具有保守的结合位点。

甘吉·塞蒂,T。赵,C。戈文达帕,S。Apicella,文学硕士。拉马斯瓦米,南卡罗来纳州。

(2014)晶体生物学学报70: 1801-1811

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S139900471400830X
  • 相关结构的主要引文:
    4毫克,400万像素,4MNP公司

  • PubMed摘要:

    唾液酸是一类相关的九碳糖酸,在真核生物和原核生物中都发挥着重要作用。这些唾液酸以末端糖的形式结合/修饰在寡脂糖上,以躲避宿主免疫系统。许多致病细菌从宿主体内清除唾液酸并将其用于分子模拟。这一过程的第一步是唾液酸向细胞质的转运,这通常是通过由周质结合蛋白和膜转运蛋白组成的三重ATP非依赖性转运系统进行的。本文报道了致病细菌核梭杆菌、多杀性巴氏杆菌和霍乱弧菌周质结合蛋白的结构特征及其热力学性质。还报道了流感嗜血杆菌蛋白Neu5Ac结合位点的几个突变的结合亲和力。糖结合的结构和热力学表明,所有这些蛋白质都具有非常保守的结合口袋和相似的结合亲和力。当这些蛋白质与糖结合时,会发生显著的构象变化。虽然C1羧酸盐被确定为主要结合位点,但第二个保守的氢键网络参与构象状态的起始和稳定。


  • 组织附属关系

    干细胞生物学和再生医学研究所,印度卡纳塔克邦班加罗尔GKVK Post NCBS校区,邮编560 065。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
N-乙酰神经氨酸结合蛋白312核梭杆菌亚种。核植物ATCC 25586突变: 0 
基因名称:FN1472型SiaP公司
UniProt公司
寻找蛋白质问题8RDN9 (核梭杆菌核亚种(菌株ATCC 25586/DSM 15643/BCRC 10681/CIP 101130/JCM 8532/KCTC 2640/LMG 13131/VPI 4355))
探索问题8RDN9 
转到UniProtKB:问题8RDN9
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团问题8RDN9
序列注释
展开
  • 参考序列
小分子
配体1独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
负载均衡
SLB查询

下载理想坐标CCD文件
B[认证A]N-乙酰-β-神经氨酸
C类11H(H)199
SQVRNKJHWKZAKO-PFQGKNLYSA-N公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.50 Å
  • R值自由:0.255 
  • R值工作:0.213 
  • 观察到的R值:0.215 
  • 空间组:第2页12121
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=41.841α = 90
b=58.729β = 90
c=111.671γ = 90
软件包:
软件名称目的
AMoRE公司阶段划分
菲尼克斯精炼
PDB_提取数据提取
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  • 版本1.0:2014-07-09
    类型:首次发布
  • 版本1.1:2014-09-24
    更改:数据库引用
  • 版本1.2:2020-07-29
    类型:补救
    原因:碳水化合物修复
    更改:数据收集、数据库引用、派生计算、结构摘要
  • 版本1.3:2023-09-20
    更改:数据收集、数据库引用、细化描述、结构摘要