4B4I型

1.20(S)-2-甲基-2,4-戊二醇结晶溶菌酶的结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.20 Å
  • R值自由:0.167 
  • R值工作:0.129 
  • 观察到的R值:0.131 

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文学类

溶菌酶与(R)-、(S)-和(Rs)-2-甲基-2,4-戊二醇的结晶

M.斯塔贝尔。J·雅科西奇。J.伯杰。卡普,J.M。A.阿克塞尔鲍姆。D.萨斯托。Buldyrev,S.V.公司。B.J.赫恩杰兹。N.阿瑟里。

(2015)Acta Crystallogr D生物晶体仪71: 427

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S1399004714025061
  • 相关结构的主要引文:
    4B49型,4B4E型,4B4I型,4B4J型

  • PubMed摘要:

    手性结晶控制在小分子领域已有大量先例,但对手性在蛋白质结晶中的作用知之甚少。在本研究中,溶菌酶在手性添加剂2-甲基-2,4-戊二醇(MPD)存在下分别使用R和S对映体以及外消旋RS混合物结晶。用(R)-MPD生长的晶体具有最高的有序度和最高的分辨率蛋白质结构。这一结果与观察结果一致,即在用(R)-MPD和(RS)-MPD生长的晶体中,晶体接触是由(R)-MPD形成的,这表明溶菌酶和这种对映体之间存在优先相互作用。这些发现表明手性相互作用在蛋白质结晶中很重要。


  • 组织附属关系

    美国纽约州纽约市阿姆斯特丹大道2495号叶希瓦大学物理系,邮编:10033-3312。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
溶菌酶C129五倍子突变: 0 
欧盟委员会:3.2.1.17
UniProt公司
寻找蛋白质P00698号 (五倍子)
探索P00698号 
转到UniProtKB:P00698号
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P00698号
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  • 参考序列
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.20Å
  • R值自由:0.167 
  • R值工作:0.129 
  • 观察到的R值:0.131 
  • 空间组:第4页212
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=77.441α = 90
b=77.441β = 90
c=37.945γ = 90
软件包:
软件名称目的
REFMAC公司精炼
HKL-2000数据缩减
HKL-2000数据缩放
MOLREP公司阶段划分

结构验证

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