3HO7公司

牙龈卟啉单胞菌OxyR的晶体结构


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.58 Å
  • R值自由:0.245 
  • R值工作:0.219 
  • 观察到的R值:0.220 

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文学

牙龈卟啉单胞菌OxyR调节域的结构解释了OxyR调控子在大肠杆菌和牙龈假单胞菌中表达的差异。

D.V.斯文塔兹。彼得森,D.L。Collazo-Santiago,E.A.公司。刘易斯,J.P。H.T.赖特。

(2013)Acta Crystallogr D生物晶体仪69: 2091-2103

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S090744913019471
  • 相关结构的主要引文:
    3HO7公司,3T22型,3英国国际

  • PubMed摘要:

    OxyR通过细胞氧化还原状态的可逆还原半胱氨酸二硫化物生物传感器转录调节大肠杆菌氧化应激反应基因。这些半胱氨酸中氧化还原变化引起的结构变化通过构象传递到二聚体-亚单位界面,从而改变二聚体和四聚体与DNA的相互作用。与大肠杆菌OxyR调节域结构相反,牙龈卟啉单胞菌OxyR调控域的晶体结构在半胱氨酸二硫键氧化还原状态的变化中二聚体构型的差异最小。牙龈假单胞菌OxyR调节域二聚体的这种锁定结构与大肠杆菌OxyR调控域二聚物的氧化(激活)形式极为相似。它与在牙龈卟啉单胞菌中观察到的一些氧化应激基因的组成型激活相关,并可归因于牙龈卟啉单胞菌OxyR中相对于大肠杆菌OxyR的单一氨基酸插入。对全长牙龈卟啉单胞菌、大肠杆菌和脑膜炎奈瑟菌OxyR DNA复合物的建模预测了每种复合物的还原和氧化形式的不同DNA结合模式。


  • 组织附属关系

    美国弗吉尼亚州里士满弗吉尼亚联邦大学口腔学院OCMB菲利普斯研究所,邮编:23298-0566。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
氧气还原剂232牙龈卟啉单胞菌突变: 0 
基因名称:氧气RPG_0270型
UniProt公司
寻找蛋白质Q7MXD3型 (牙龈卟啉单胞菌(菌株ATCC BAA-308/W83))
探索Q7MXD3型 
转到UniProtKB:Q7MXD3型
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团Q7MXD3型
序列注释
展开
  • 参考序列
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.58 Å
  • R值自由:0.245 
  • R值工作:0.219 
  • 观察到的R值:0.220 
  • 空间组:第1页
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=55.819α = 110.63
b=55.795β = 102.82
c=56.711γ = 114.63
软件包:
软件名称目的
CrystalClear公司数据收集
菲尼克斯模型建筑物
REFMAC公司精炼
d*TREK公司数据缩减
CrystalClear公司数据缩放
菲尼克斯阶段划分

结构验证

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    更改:数据库引用