2BLW公司

高剂量X射线“烧伤”后的胰蛋白酶


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.20 Å
  • R值自由:0.130
  • R值工作:0.107 
  • 观察到的R值:0.108 

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文学类

改进辐射损伤子结构以防撕裂。

M.H.纳奥。谢尔德里克(G.M.Sheldrick)。拉韦利,R.B。

(2005)Acta Crystallogr D生物晶体仪61: 1227

  • 内政部:https://doi.org/10.107/S090744905019360
  • 相关结构的主要引文:
    2BLO公司2BLP公司2BLQ(磅)2BLR型2BLU公司2BLV公司2BLW公司2BLX型2年2BLZ公司2BN1型2BN3型

  • PubMed摘要:

    特定辐射损伤可用于使用辐射损伤诱导相位(RIP)方法求解大分子结构。使用第三代同步加速器波荡光束线(带有高度衰减光束)上收集的数据集,研究了六种含二硫测试结构(弹性蛋白酶、胰岛素、溶菌酶、核糖核酸酶A、胰蛋白酶和索马丁)的方法。在收集“之前”和“之后”数据集之间,每个晶体都暴露在未衰减的X射线束下。X射线“烧伤”引起的强度差异在5%到15%之间,这取决于所研究的蛋白质。在SHELXD中,使用综合直接法和Patterson法测定了X射线敏感亚结构。通过将SHELXC中的“后”数据集按比例因子K缩小,找到最佳子结构,最佳值范围为0.96至0.99。通过与SHELXE迭代,通过添加负占据位置以及大量相对较弱的位置,改进了初始子结构。最终的亚结构范围从40到300多个站点,最强的峰值高达57西格玛。除了一个结构外,所有结构都可以解决:不可能找到核糖核酸酶A的初始亚结构,但是,从已知的五个最易感位点开始的SHELXE迭代给出了极好的图谱。事实证明,对弹性蛋白酶、溶菌酶和索马丁的溶液进行降尺度处理是必要的,并且在其他情况下减少了SHELXE迭代次数。降尺度和子结构迭代的结合为利用辐射损伤的大分子结构定相提供了重要益处。


  • 组织附属关系

    EMBL,6 Rue Jules Horowitz,38042格勒诺布尔,法国。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
胰蛋白酶223Bos金牛突变:0
电子商务:3.4.21.4
UniProt公司
寻找蛋白质P00760号 (Bos金牛)
探索P00760号 
转到UniProtKB:P00760号
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团P00760号
序列注释
展开
  • 参考序列
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:1.20 Å
  • R值自由:0.130 
  • R值工作:0.107 
  • 观察到的R值:0.108 
  • 空间组:第2页12121
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=54.162α = 90
b=58.253β = 90
c=66.582人γ = 90
软件包:
软件名称目的
XDS公司数据缩减
XSCALE公司数据缩放
SHELXD公司阶段划分
SHELXE公司阶段划分
REFMAC公司精炼

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  • 版本1.0:2005-09-07
    类型:首次发布
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  • 版本1.2:2011-07-13
    更改:版本格式符合性