1P1B公司

胍基乙酸甲基转移酶


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.80 Å
  • R值自由:0.269 
  • R值工作:0.214 
  • 观察到的R值:0.215 

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文学

单斜胍乙酸甲基转移酶和钆离子结合特性。

Komoto,J。Y.高田。山田,T。Konishi,K。H·小川。戈米,T。M.藤冈。Takusagawa,F。

(2003)Acta Crystallogr D生物晶体仪59: 1589-1596

  • 内政部:https://doi.org/10.107/s0907444903014719
  • 相关结构的主要引文:
    1P1B公司,1P1C公司

  • PubMed摘要:

    胍基乙酸甲基转移酶(GAMT)是催化肌酸生物合成最后一步的酶。这种酶在所有脊椎动物的肝脏中都大量存在。用S-腺苷同型半胱氨酸(SAH)单斜修饰,将N端氨基酸37截短的重组大鼠肝脏GAMT结晶,并以2.8 a的分辨率测定晶体结构。晶体不对称单元中有两个二聚体。每个二聚体具有非晶体学双重对称性,并且通过沿晶体学b轴的伪-4(3)对称性与另一个二聚体相关。单斜变质中结晶的GAMT的整体结构与四方变质中观察到的结构非常相似[Komoto et al.(2002),J.Mol.Biol.320,223-235],但含有Tyr136的环除外。在单斜修饰中,如在四方修饰的晶体中观察到的,四个亚基中的三个亚基中的环具有催化不利的构象,而第四个亚基的环具有催化有利的构象。从单斜和四方修饰的结构可以解释为什么Y136F突变酶保留了相当大的催化活性而Y136V突变酶失去了催化活性。还测定了四方改性Gd衍生物的晶体结构。通过将Gd衍生物结构与四方和单斜修饰中的天然结构进行比较,观察到Gd离子结合的有用特征,可用于蛋白质晶体学。Gd离子可以与蛋白质结合而不改变蛋白质的天然结构,Gd原子在Cu-Kalpha辐射下产生强烈的反常色散信号;然而,Gd-离子与蛋白质的结合需要相对特定的几何形状。


  • 组织附属关系

    堪萨斯大学分子生物科学系,1200 Sunnyside Avenue,Lawrence,KS 66045-7534,USA。


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
胍基乙酸N-甲基转移酶199褐家鼠突变: 0 
基因名称:GAMT公司
欧盟委员会:2.1.1.2
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寻找蛋白质第10868页 (褐家鼠)
探索第10868页 
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序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
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ZJUKTDSGOFHSH-WFMPWKQPSA-N公司
实验数据和验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.80 Å
  • R值自由:0.269 
  • R值工作:0.214 
  • 观察到的R值:0.215 
  • 空间组:第12页11
单位单元格:
长度(Ω)角度(˚)
a=54.15α = 90
b=162.37β = 96.4
c=55.7γ=90
软件包:
软件名称目的
电子秤组件数据缩放
X-PLOR公司模型建筑物
X-脉冲精炼
X-PLOR公司阶段划分

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