1C6X电池

一类潜在HIV-1蛋白酶抑制剂的P1-P3组的替代结合位点是80年代环集中结构变化的结果。


实验数据快照

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.50 Å
  • R值自由:0.300 
  • R值工作:0.200 
  • 观察到的R值:0.200 

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文学类

一类高效HIV-1蛋白酶抑制剂的P1-P3组的替代结合位点,是蛋白酶80s环协同结构变化的结果。

Munshi,S。陈,Z。Yan,Y。李,Y。D.B.奥尔森。H.B.斯科克。B.B.加尔文。多尔西,B。L.C.郭。

(2000)Acta Crystallogr D生物晶体仪56: 381-388

  • 内政部:https://doi.org/10.107/s0907444900000469
  • 相关结构的主要引文:
    1C6X电池,1C6Y公司,1C6Z型,1C70型

  • PubMed摘要:

    确定了HIV蛋白酶抑制剂L-756423与HIV-1野生型蛋白酶复合体的结构,以及抑制剂Indinavir、L-739622和Saquinavir与含有9个点突变的突变蛋白酶(9X)(Leu10Val、Lys20Met、Leu24Ile、Ser37Asp、Met46Ile、Ile54Val、Leu63Pro、Ala71Val、Val82Thr)的复合体结构。这些结构的比较分析揭示了Indinavir和L-756423的P1-P3组的交替结合囊。交替结合囊是蛋白酶80s环(残基79-82)协同结构变化的结果。80s环被拉离活动部位,以容纳夹在皮瓣和80s环之间的P1-P3组。对于野生型以及9X突变蛋白酶的复合物,可以观察到这种结构变化。研究表明,80s环在野生型HIV-1蛋白酶中是一个固有的柔性环,并且该环中的突变不一定会导致构象变化。复合物中环的构象主要取决于结合抑制剂的性质,并可能受到蛋白酶突变的影响。这些结果强调了需要了解蛋白酶的内在结构可塑性,以便设计有效的抑制剂来对抗野生型和耐药酶形式。此外,可以利用Indinavir和L-756423的P1-P3组的交替结合囊来设计强效抑制剂。


  • 组织附属关系

    美国宾夕法尼亚州西点军校默克研究实验室抗病毒研究部,邮编:19486。sanjeev_munshi@merck.com


大分子
通过以下方法查找类似蛋白质:(通过身份截止)|3D结构
实体ID:1
分子链条序列长度有机体细节图像
蛋白质(蛋白酶)99人类免疫缺陷病毒1突变: 0 
基因名称:NY5隔离
欧盟委员会:3.4.24
UniProt公司
寻找蛋白质O09893号 (人类免疫缺陷病毒1)
探索O09893号 
转到UniProtKB:O09893号
实体组 
序列簇30%身份50%身份70%身份90%身份95%身份100%身份
UniProt集团O09893号
序列注释
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配体1独特
身份证件链条姓名/配方/InChI密钥二维示意图3D交互
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C[认证B]N-[2(S)-环戊基-1(R)-羟基-3(R)甲基]-5-[(2(S)-TERTIARY-丁胺基-羰基)-4-(N1-(2)-(N-甲基哌嗪基)-3-氯-吡嗪基-5-羰基
C类37H(H)55氯氮8O(运行)5
SQZXWXXIPWXBCL-CYTJBAGBSA-N公司
实验数据与验证

实验数据

  • 方法:X射线衍射
  • 分辨率:2.50 Å
  • R值自由:0.300 
  • R值工作:0.200 
  • 观察到的R值:0.200 
  • 空间组:第2页12121
单位单元格以下为:
长度(Ω)角度(˚)
a=88.21α = 90
b=88.21β = 90
c=32.92γ = 90
软件包:
软件名称目的
X-脉冲精炼

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