Self-identification of protein-coding regions in microbial genomes

doi:10.1073/pnas.95.17.10026

.1998年8月18日；95(17):10026-31.

doi:10.1073/pnas.95.17.10026。

微生物基因组中蛋白质编码区的自我识别

S音频¹, J M Claverie公司

附属公司

PMID： 9707594
预防性维修识别码： PMC21455型
内政部： 10.1073/pnas.95.17.10026

微生物基因组中蛋白质编码区的自我识别

S Audic公司等。美国国家科学院程序. 1998.

.1998年8月18日；95(17):10026-31.

doi:10.1073/pnas.95.17.10026。

作者

S Audic公司¹, J M Claverie公司

附属

¹结构和遗传信息实验室，法国马赛F-13402 Joseph Aiguier街31号国家科学中心-EP.91。audic@igs.cnrs-mrs.fr

PMID： 9707594
预防性维修识别码：下午21455
内政部： 10.1073/pnas.95.17.10026

摘要

提出了一种预测微生物基因组DNA序列中蛋白质编码区的新方法。它使用从头算迭代马尔可夫建模过程，自动将基因组序列划分为三个子集，这些子集与编码、反链编码和非编码片段相对应。与当前的方法（如GENEMARK[Borodovsky，M.&McIninch，J.D.（1993）Comput.Chem.17，123-133]）相比，不需要训练集或对所研究基因组的统计特性的先验知识。这种新方法允许1-2%的错误率，并且可以处理未组装的序列。因此，它是分析基因组调查和/或未鉴定微生物的片段序列数据的理想工具。该方法在10个完整的细菌基因组上进行了验证（来自四个主要的系统发育谱系）。结果表明，通过完全自动化和客观的程序，可以以高达90%的准确率识别蛋白质编码区。

PubMed免责声明

数字

图1
迭代齐次马尔可夫模型的收敛性。将正确指定为“编码”或“反向编码”的核苷酸数量绘制成图，以遵循迭代过程的收敛性。(A类)马尔可夫链序的影响。(B类)窗口大小的影响。(C类)模拟错误率的影响。(D类)编码识别的特异性(+)和反向编码(o个)不同G+C含量的10个基因组的片段。马来西亚，*詹纳西伊先生*; 镁，*生殖支原体*; Mp、，*肺炎支原体*; 你好，*流感嗜血杆菌*; 血红蛋白，*幽门螺杆菌*; B、，*枯草杆菌*; 百万吨，*M.热自养菌*; 同步，*协同孢子虫*服务提供商。；阿富汗，*A.富列杜斯*; Ec、，*大肠杆菌*镁和Mp基因组中编码区和反编码区的识别差异表明实际的链不对称。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

如何解释匿名细菌基因组：基因识别的机器学习方法。
Hayes WS，Borodovsky M。 Hayes WS等人。基因组研究，1998年11月；8(11):1154-71. doi:10.1101/gr.8.11.1154。基因组研究，1998年。 PMID：9847079
使用GeneMark和GeneMark.hmm进行原核基因预测。
Borodovsky M、Mills R、Besemer J、Lomsadze A。 Borodovsky M等人。当前协议生物信息学。2003年5月；第4章：单元4.5。doi:10.1002/0471250953.bi0405s01。当前协议生物信息学。2003 PMID：18428700
通过自训练算法识别新真核基因组中的基因。
Lomsadze A、Ter-Hovhannisyan V、Chernoff YO、Borodovsky M。 Lomsadze A等人。《核酸研究》，2005年11月28日；33（20）：6494-506。doi:10.1093/nar/gki937。2005年印刷。《核酸研究》，2005年。 PMID：16314312 免费PMC文章。
【使用隐马尔可夫模型在原核基因组中进行基因识别】。
雅达·T。雅达·T。 Tanpakushitsu Kakusan Koso公司。1997年12月；42（17补充）：2993-3000。 Tanpakushitsu Kakusan Koso公司。1997 PMID：9455224 审查。日本人。没有可用的摘要。
从蛋白质结构的角度比较基因组：有限部分列表的调查。
Gerstein M，Hegyi H。 Gerstein M等人。 FEMS微生物版，1998年10月；22(4):277-304. doi:10.1111/j.1574-6976.1998.tb00371.x。 FEMS微生物版，1998年。 PMID：10357579 审查。

查看所有类似文章

引用人

MBBC：一种基于聚类的元基因组装箱的有效方法。
王Y、胡H、李X。王毅等。 BMC生物信息学。2015年2月5日；16:36. doi:10.1186/s12859-015-0473-8。 BMC生物信息学。2015 PMID：25652152 免费PMC文章。
基于DNA能量分析的分析表明，原核生物中存在其他基因。
Khandelwal G、Gupta J、Jayaram B。 Khandelwal G等人。生物科学杂志。2012年7月；37(3):433-44. doi:10.1007/s12038-012-9221-7。生物科学杂志。2012 PMID：22750981
用核苷酸统计对编码DNA进行分类。
Carels N，Frías D。 Carels N等人。 Bioninform Biol Insights公司。2009年10月28日；3:141-54. doi:10.4137/bbi.s3030。 Bioinform生物洞察。2009 PMID：20140062 免费PMC文章。
MetaGeneAnnotator：检测核糖体结合位点的物种特异性模式，以便在匿名原核和噬菌体基因组中精确预测基因。
Noguchi H、Taniguchi T、Itoh T。 Noguchi H等人。 DNA Res.2008年12月；15(6):387-96. doi:10.1093/dnares/dsn027。Epub 2008年10月21日。 2008年DNA研究。 PMID：18940874 免费PMC文章。
复发性疏螺旋体是致命的虱传复发热的病原体，其基因组是蜱传疏螺旋体的退化亚群。
Lescot M、Audic S、Robert C、Nguyen TT、Blanc G、Cutler SJ、Wincker P、Couloux A、Claverie JM、Raoult D、Drancourt M。 Lescot M等人。公共科学图书馆-遗传学。2008年9月12日；4（9）：e1000185。doi:10.1371/journal.pgen.1000185。公共科学图书馆-遗传学。2008 PMID：18787695 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Fleischmann R D、Adams M D、White O、Clayton R A、Kirkness E F、Kerlavah A R、Bult C J、Tomb J F、Dougherty B A、Merrick J M等人，《科学》。1995;269:496–512.-公共医学
1. Fraser C M、Gocayne J D、White O、Adams M D、Clayton R A、Fleischmann R D、Bult C J、Kerlavage A R、Sutton G、Kelley J M等，《科学》。1995;270:397–403.-公共医学
1. Bult C J、White O、Olsen G J、Zhou L、Fleischmann R D、Sutton G G、Blake J A、FitzGerald L M、Clayton R A、Gocayne J D等。《科学》。1996;273:1058–1073.-公共医学
1. Kaneko T、Sato S、Kotani H、Tanaka A、Asamizu E、Nakamura Y、Miyajima N、Hirosawa M、Sugiura M、Sasamoto S等，1996年DNA研究；3:109–136.-公共医学
1. Himmelreich R、Hilbert H、Plagens H、Pirkl E、Li B C、Herrmann R《核酸研究》，1996年；24:4420–4449.-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型

行动

物质

行动
行动

LinkOut-更多资源

全文源

[1] Fleischmann R D、Adams M D、White O、Clayton R A、Kirkness E F、Kerlavah A R、Bult C J、Tomb J F、Dougherty B A、Merrick J M等人，《科学》。1995;269:496–512.-公共医学

[2] Fleischmann R D、Adams M D、White O、Clayton R A、Kirkness E F、Kerlavah A R、Bult C J、Tomb J F、Dougherty B A、Merrick J M等人，《科学》。1995;269:496–512.-公共医学

[3] Fraser C M、Gocayne J D、White O、Adams M D、Clayton R A、Fleischmann R D、Bult C J、Kerlavage A R、Sutton G、Kelley J M等，《科学》。1995;270:397–403.-公共医学

[4] Fraser C M、Gocayne J D、White O、Adams M D、Clayton R A、Fleischmann R D、Bult C J、Kerlavage A R、Sutton G、Kelley J M等，《科学》。1995;270:397–403.-公共医学

[5] Bult C J、White O、Olsen G J、Zhou L、Fleischmann R D、Sutton G G、Blake J A、FitzGerald L M、Clayton R A、Gocayne J D等。《科学》。1996;273:1058–1073.-公共医学

[6] Bult C J、White O、Olsen G J、Zhou L、Fleischmann R D、Sutton G G、Blake J A、FitzGerald L M、Clayton R A、Gocayne J D等。《科学》。1996;273:1058–1073.-公共医学

[7] Kaneko T、Sato S、Kotani H、Tanaka A、Asamizu E、Nakamura Y、Miyajima N、Hirosawa M、Sugiura M、Sasamoto S等，1996年DNA研究；3:109–136.-公共医学

[8] Kaneko T、Sato S、Kotani H、Tanaka A、Asamizu E、Nakamura Y、Miyajima N、Hirosawa M、Sugiura M、Sasamoto S等，1996年DNA研究；3:109–136.-公共医学

[9] Himmelreich R、Hilbert H、Plagens H、Pirkl E、Li B C、Herrmann R《核酸研究》，1996年；24:4420–4449.-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Himmelreich R、Hilbert H、Plagens H、Pirkl E、Li B C、Herrmann R《核酸研究》，1996年；24:4420–4449.-项目管理咨询公司-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

微生物基因组中蛋白质编码区的自我识别

附属

微生物基因组中蛋白质编码区的自我识别

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

LinkOut-更多资源

全文源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源