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.1998:279-90.

从未标记的DNA序列推导核糖体结合位点(RBS)统计模型,并将RBS模型用于N末端预测

附属公司
  • PMID: 9697189
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从未标记的DNA序列推导核糖体结合位点(RBS)统计模型,并将RBS模型用于N末端预测

W S海耶斯等。 Pac-Symp生物计算机. 1998.
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摘要

准确预测平移起始位置(N末端预测)是一个难题。仅从DNA序列的N末端预测是模棱两可的,即几个候选起始位点彼此接近。蛋白质相似性搜索通常无法指示基因的真正开始,因为它需要在蛋白质的N末端部分具有很强的蛋白质序列相似性,而保守区域很少位于该部分。借助于基因识别的GeneMark程序,我们从未标记的完整基因组序列中提取出可能包含核糖体结合位点(RBS)的DNA序列片段。这些DNA片段对齐后,使用吉布斯采样方法生成RBS模型。然后,通过使用RBS模型和GeneMark起始密码子预测来执行N末端预测,以帮助确定真正的N末端位点。

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