Evolutionary parameters of the transcribed mammalian genome: an analysis of 2,820 orthologous rodent and human sequences

doi:10.1073/pnas.95.16.9407

.1998年8月4日；95(16):9407-12.

doi:10.1073/pnas.95.16.9407。

哺乳动物基因组转录的进化参数：2820个同源啮齿动物和人类序列的分析

W马卡卢夫斯基¹, M S Boguski女士

附属公司

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哺乳动物基因组转录的进化参数：2820个同源啮齿动物和人类序列的分析

W马卡卢夫斯基等。美国国家科学院程序. 1998.

.1998年8月4日；95(16):9407-12.

doi:10.1073/pnas.95.16.9407。

作者

W马卡卢夫斯基¹, M S Boguski女士

附属

¹美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家医学图书馆国家生物技术信息中心，邮编：20894。

采购管理信息： 9689093
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摘要

我们从大鼠、小鼠和人类中严格定义了2820个同源mRNA和蛋白质序列对。进化速率分析表明，哺乳动物基因的进化速度比以前的教科书值慢17-30%。数据包括mRNA和蛋白质序列的平均特性、编码区和非编码区序列保守性的变化，以及mRNA非翻译区重复元件和剪接位点的绝对和相对频率。我们的数据集包含1880个独特的人类/啮齿动物序列对，约占所有哺乳动物基因的2-4%。在1880个人类直向同源物中，70%存在于人类基因组的新基因图谱上，从而为交叉参考人类和啮齿动物基因组提供了宝贵的资源。除了比较作图外，这些结果在解释人类和小鼠基因组序列的同步区之间的非编码序列保守性以及基因表达阵列的设计和校准中也有实际应用。

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图2
1212个同源大鼠和人类mRNA和蛋白质序列的长度和序列保守性的分布。(*A–C*)5′UTR结果的散点图(A类)、CDS(B类)和3′UTR(C类). (D类)对齐的大鼠和人类mRNA和编码蛋白按区域的序列保守性方框图。对于每个类别，中央框表示第25个百分位和第75个百分位数之间的中间50%的数据，所附的水平线表示分布的中值。极值由出现在数据主体之外的圆圈表示。

图3
470个同源小鼠和大鼠mRNA和蛋白质序列的长度和序列保守性的分布。(*A–C*)5′UTR结果的散点图(A类)、CDS(B类)和3′UTR(C类). (D类)方框图如图2图例所示。

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