.1998年5月1日;278(2):439-56.
doi:10.1006/jmbi.1998.1688。
链球菌蛋白G B1片段折叠的计算
附属公司
附属
- 1斯克里普斯研究所分子生物学系,地址:10550 North Torrey Pines Road,La Jolla,CA 92037,USA。
剪贴板中的项目
链球菌蛋白G B1片段折叠的计算
F B谢尔曼等。
分子生物学杂志.
.
.1998年5月1日;278(2):439-56.
doi:10.1006/jmbi.1998.1688。
附属
- 1斯克里普斯研究所分子生物学系,地址:10550 North Torrey Pines Road,La Jolla,CA 92037,USA。
剪贴板中的项目
摘要
我们研究了链球菌蛋白G的B1片段的折叠热力学和机制。利用分子动力学模拟完全溶解的蛋白质来探测折叠不同阶段的热力学显著状态。我们进行了几次展开模拟,以生成初始条件数据库。对数据库进行分析和聚类。然后,将从该数据库中提取的聚类中心用作折叠条件下折叠自由能景观伞形采样的起点。结果抽样与加权直方图分析方法相结合。沿着几个阶参数构造了一维和二维自由能面,并用于分析折叠过程。我们的发现表明,在重要的原生结构形成之前,会有一个初始崩塌。局部结构元素起源于折叠早期具有较高H/2H交换保护因子的蛋白质区域。从蛋白质中提取的肽在α-螺旋的N末端实验观察到一种非天然接触,可以在折叠的早期阶段预先组织链。坍塌和早期结构的形成产生了一个具有大量水分子的致密球状体。蛋白质核心的去溶解与紧密状态折叠的最后阶段一致。
版权所有1998 Academic Press Limited。
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