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.1998年1月15日;26(2):544-8.
doi:10.1093/nar/26.2544。

基于插值马尔可夫模型的微生物基因识别

附属公司

基于插值马尔可夫模型的微生物基因识别

萨尔茨伯格大学等。 核酸研究. .

摘要

本文描述了一个新的系统,GLIMMER,用于在微生物基因组中发现基因。在对流感嗜血杆菌、幽门螺杆菌和其他完整微生物基因组的一系列测试中,该系统已被证明在定位这些序列中的几乎所有基因方面非常准确,优于先前的方法。基于幽门螺杆菌和流感嗜血杆菌实验的保守估计是,该系统发现了97%以上的所有基因。GLIMMER使用内插马尔可夫模型(IMM)作为捕获DNA序列中相邻核苷酸之间依赖性的框架。基于IMM的方法基于可变上下文进行预测;即DNA序列中的可变长度低聚物。GLIMMER使用的上下文会根据序列的本地组成发生变化。因此,GLIMMER比固定顺序马尔可夫方法更灵活、更强大,后者以前是在微生物DNA中发现基因的主要基于内容的技术。

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