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.1997:232-44.

在概率基因结构模型中整合数据库同源性

附属公司
  • PMID: 9390295
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在概率基因结构模型中整合数据库同源性

D Kulp公司等。 Pac-Symp生物组件. 1997.
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摘要

我们提出了一种改进的DNA基因随机模型,并描述了一种将数据库同源性集成到概率框架中的方法。广义隐马尔可夫模型(GHMM)描述了DNA序列合法解析的语法。通过使用动态规划来结合来自多个传感器的信息来估计基因特征的概率。我们展示了如何通过根据比特成本解释序列的可能性来对给定同源匹配的序列进行编码,从而将数据库中同源序列的匹配集成到概率估计中。我们还演示了如何利用蛋白质数据库中的同源性匹配来帮助识别剪接位点。我们的实验表明,当这些新特征添加到我们的基因发现系统Genie中时,基因结构鉴定的敏感性和特异性有了显著提高。使用一组标准注释基因进行测试的实验结果表明,Genie正确识别了95%的编码核苷酸,特异性为91%,77%的外显子被准确识别。

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