通过全基因组鸟枪测序法测定了嗜热古细菌-热自养甲烷杆菌deltaH基因组的完整1751377-bp序列。共有1855个开放阅读框架（ORF）被鉴定为编码多肽，其中844个（46%）根据其与具有指定功能的数据库序列的相似性被指定了假定功能。共有514（28%）ORF编码的多肽与功能未知的序列相关，496（27%）与公共数据库中的序列几乎没有同源性。与真核生物、细菌和古生菌特定数据库的比较表明，1013个假定基因产物（54%）与先前描述的古生菌域中其他生物体的多肽序列最为相似。与jannaschii甲烷球菌基因组数据的比较强调了这两种产甲烷菌之间发生的广泛差异；只有352（19%）株热自养M.热自养ORF编码的序列与M.jannaschii多肽的同源性>50%，并且同源基因的相对位置几乎没有保守性。当将M.thermoautotrophicum ORF与仅来自常芳基和细菌结构域的序列进行比较时，786（42%）与细菌序列更相似，241（13%）与常芳基序列更相似。细菌domain-like基因产物包括预计参与辅因子和小分子生物合成、中间代谢、转运、固氮、调节功能以及与环境的相互作用的大多数产物。大多数预测参与DNA代谢、转录和翻译的蛋白质与真核序列更为相似。基因结构和组织具有细菌的典型特征，包括编码与真核蛋白密切相关的多肽的基因。有24种多肽可以形成双组分传感器激酶响应调节系统以及细菌Hsp70响应蛋白DnaK和DnaJ的同源物，这在jannaschii支原体中明显缺失。基于两个Cdc6同源物和三个组蛋白的存在，热自养M.的DNA复制起始和染色体包装被预测具有真核特征；然而，ftsZ基因的存在表明细菌类型的细胞分裂开始。DNA聚合酶包括一个X家族修复型和一个由两个单独的多肽形成的不寻常的古生物B型。依赖于DNA的RNA聚合酶（RNAP）亚单位A'、A“、B'、B”和H编码在典型的古生物RNAP操纵子中，尽管第二个A'亚单位编码基因位于偏远的位置。有两个rRNA操纵子，39个tRNA基因散布在基因组周围，尽管其中大多数出现在集群中。三个tRNA基因有内含子，包括tRNAPro（GGG）基因，该基因在一个前所未有的位置含有第二个内含子。没有硒代半胱氨酸-tRNA基因，也没有经典组织is元件、原噬菌体或质粒的证据。该基因组包含一个内含子和两个延伸重复序列（3.6和8.6 kb），它们是一个家族的成员，在贾纳氏支原体基因组中有18个代表。
