Linking genome and proteome by mass spectrometry: large-scale identification of yeast proteins from two dimensional gels

doi:10.1073/pnas.93.25.14440

.1996年12月10日；93(25):14440-5.

doi:10.1073/pnas.93.25.14440。

质谱联用基因组和蛋白质组：从二维凝胶中大规模鉴定酵母蛋白质

舍甫琴科¹, 奥恩·詹森, A V波德雷耶尼科夫, F萨利奥科, M Wilm先生, O漩涡, P莫滕森, 舍甫琴科, H布切里, M Mann先生

附属公司

PMID： 8962070
预防性维修识别码： PMC26151型
内政部： 10.1073/pnas.93.25.14440

质谱联用基因组和蛋白质组：从二维凝胶中大规模鉴定酵母蛋白质

舍甫琴科等人。美国国家科学院程序. 1996.

.1996年12月10日；93(25):14440-5.

doi:10.1073/pnas.93.25.14440。

作者

舍甫琴科¹, O N Jensen先生, A V波德雷耶尼科夫, F萨利奥科, M Wilm先生, O漩涡, P莫滕森, 舍甫琴科, H布切里, M Mann先生

附属

¹肽和蛋白质组，德国海德堡欧洲分子生物学实验室。

PMID： 8962070
预防性维修识别码： PMC26151型
内政部： 10.1073/pnas.93.25.14440

摘要

基因组测序发现的许多无特征开放阅读框架的功能可以在表达的基因产物蛋白质组水平上确定。然而，从微量蛋白质中识别同源基因一直是分子生物学的主要问题之一。以酵母为例，我们在这里证明，鉴于基因组已完全测序，质谱蛋白质鉴定是解决这一问题的通用方法。作为第一个筛选，我们的策略使用自动激光解吸电离质谱法对蛋白质凝胶内胰蛋白酶消化产生的肽混合物进行分析。高达90%的蛋白质通过高精度获得的肽块列表搜索序列数据库进行鉴定。其余蛋白质通过纳米电喷雾串联质谱法对未分离混合物中的几个肽进行部分测序，然后使用多个肽序列标签进行数据库搜索来确定。在盲试中，该方法在所有情况下都能实现明确的识别。在迄今为止最大的单个蛋白质鉴定项目中，共成功分析了150个凝胶斑点，其中许多为亚皮摩尔数量，大大扩大了酵母二维凝胶数据库。32个以上的蛋白质是新的，与酵母基因组中以前没有特征的开放阅读框相匹配。这项研究表明，质谱法提供了所需的通量、鉴定的确定性和作为连接基因组和蛋白质组的选择方法的普遍适用性。

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数字

图2
酵母蛋白ILV5的自动化鉴定MALDI质谱和自动数据库搜索。离子信号其测量质量与质子化胰蛋白酶的计算质量相匹配肽，（M+H）⁺，在50 ppm范围内表示为圈子。端子序列标签（35）由箭头和产生不规则末端图案的氨基酸。(插入)A类同位素显示的一个胰蛋白酶肽峰的放大由于自然条件不同，分辨信号相差1Da¹³C类丰富多彩。序列覆盖率大于70%。平均绝对质量精度为25ppm，平均分辨率为10000。一些在未标记的峰中，有些与基质有关，有些是胰蛋白酶自溶产品和两个匹配的肽超出了所示的质量范围。

图3
纳米高灵敏度蛋白质鉴定电喷雾质谱法。(A类)质谱（问）₁扫描）箭头标记的斑点的胰蛋白酶消化如图4所示。标记胰蛋白酶自溶产物的离子（*）。(B类)非金属离子的母离子扫描光谱列伊（Leu/Ile）(*米/z*86）使用相同的摘要获取。离子胰蛋白酶肽的T_A类–T型_C类.(C类)双电荷离子的串联质谱T型_B类²⁺.碎片的第一质量序列，由质量差决定的序列碎片峰值和序列中的最后一个质量输入为（600.2）ED（L/I）（957.4）进入肽研究与一起测得的肽质量。酵母蛋白VMA2是明确的由肽序列标签识别，如光谱所示。这个字母表示N末端（a和b）和C末端（y）碎片酰胺键（38）。

图4
蛋白质2D PAGE酵母参考图当前调查中确定的身份。蛋白质模式对应于[³⁵S] 蛋氨酸标记多肽（19）。箭头表示图3中的蛋白质序列矩形表示酵母L-A病毒的蛋白质。这个省略标记染色很弱的蛋白质的位置。基因名称之前未标记的开放式阅读框是黑体字。

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1. Wilkins M R、Pasqual C、Appel R D、Ou K、Golaz O、Sanchez J C、Yan J X、Gooley A A、Hughes G、Humphery-Smith I、Williams K L、Hochstrasser D F.生物/技术。1996;14:61–65.-公共医学
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