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1996年6月30日;3(3):109-36.
doi:10.1093/dnares/3.3.109。

单细胞蓝藻Synchocystis sp.菌株PCC6803基因组序列分析。二、。整个基因组的序列测定和潜在蛋白编码区的分配

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单细胞蓝藻Synchocystis sp.菌株PCC6803基因组序列分析。二、。整个基因组的序列测定和潜在蛋白编码区的分配

T卡内科等。 DNA研究
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摘要

完成了集胞菌PCC6803菌株的全基因组序列测定。最终确认的基因组总长度为3573470 bp,包括之前报告的1003450 bp的序列,从基因组的64%到92%。整个序列由cosmid克隆、lambda克隆和用于填隙的长PCR产物的基于物理图的连接序列组装而成。通过对整个基因组的两条DNA链进行分析,确保了序列的准确性。长PCR产物的限制性分析支持组装序列的真实性,长PCR产物是使用组装序列数据直接从基因组DNA中扩增出来的。为了预测潜在的蛋白质编码区,进行了开放阅读框(ORF)分析、GeneMark程序分析和数据库相似性搜索。结果,基因组上共分配了3168个潜在蛋白基因,其中145个(4.6%)与报告基因相同,1257个(39.6%)和340个(10.8%)分别与报告基因和假设基因相似。其余1426个(45.0%)与数据库中的任何基因都没有明显的相似性。在指定的潜在蛋白质基因中,128个与参与光合反应的基因相关。编码潜在蛋白质基因的序列之和占基因组长度的87%。因此,通过添加rRNA和tRNA基因,基因组的蛋白质和RNA编码区域排列得非常紧凑。基因组基因组织的一个显著特征是,在基因组中发现了99个ORF,这些ORF与转座酶基因相似,可分为6组,其中至少26个ORF看起来完好无损。结果表明,在该物种建立期间和建立之后,基因组经常发生重排。

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