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.1995年8月;4(8):1618-32.
doi:10.1002/pro.5560040820。

吉布斯基序取样:细菌外膜蛋白重复序列的检测

附属公司

吉布斯模体取样:细菌外膜蛋白重复序列的检测

A F纽瓦尔德等。 蛋白质科学. 1995年8月.

摘要

多序列中局部保守区域(基序)的检测和比对可以深入了解蛋白质的结构、功能和进化。描述了一种新的Gibbs采样算法,该算法检测序列中的模体编码区域并将其最优分割为不同的模体模型;这是用一组免疫球蛋白折叠蛋白来说明的。当应用于共享单个模体的序列时,该取样器可用于将模体区域划分为相关子模型,如螺旋-螺旋-螺旋DNA结合蛋白所示。描述了其他基于统计的程序,用于在数据库中搜索与取样器发现的图案匹配的序列。当应用于一组32种极为远缘相关的细菌整体外膜蛋白时,取样器显示它们共享一个微妙的重复基序。尽管BLAST(Altschul SF et al.,1990,J Mol Biol 215:403-410)未能检测到任何序列之间的显著成对相似性,但这些外膜蛋白中的重复序列作为一个整体来说是非常重要的(基于此处描述的基序的普遍适用的统计测试)。对具有已知三聚体β-桶结构和相关蛋白质的细菌孔蛋白的分析显示,类似的重复基序对应于交替跨膜β-链。这些β链出现在β-桶的膜界面(与三聚体界面相反)。这些重复序列的广泛保存和结构位置表明它们发挥着重要的功能作用。

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类似文章

引用人

工具书类

    1. 细菌杂志。1994年8月;176(15):4669-79-公共医学
    1. 分子生物学杂志。1994年6月24日;239(5):698-712-公共医学
    1. 分子生物学杂志。1981年3月25日;147(1):195-7-公共医学
    1. 细菌杂志。1984年8月;159(2):570-8-公共医学
    1. 自然。1986年9月4日至10日;323(6083):15-6-公共医学

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