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.1993年10月8日;262(5131):208-14.
doi:10.1126/science.8211139。

检测微弱序列信号:多重比对的Gibbs采样策略

附属公司

检测微弱序列信号:多重比对的Gibbs采样策略

C E劳伦斯等。 科学类. .

摘要

基因组项目和其他测序工作正在生成丰富的蛋白质和DNA序列数据。要破译这些序列并理解它们之间的关系,一个关键的障碍是很难检测出多个序列常见的细微的局部残基模式。这种模式经常反映出相似的分子结构和生物特性。该“局部多重比对”问题的数学定义适用于全计算机自动化,并基于迭代采样的统计方法开发了一种新的敏感算法。该算法在N线性时间内为N个序列找到一个优化的局部对齐模型,在当前工作站上只需要几秒钟,并允许同时检测和优化多个模式和模式重复。该方法用于螺旋-转螺旋蛋白、脂蛋白和戊基转移酶。

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