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.1993年12月;17(4):412-25.
doi:10.1002/port.340170408。

蛋白质的基本动力学

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蛋白质的基本动力学

阿玛代人等。 蛋白质. 1993年12月.

摘要

对溶菌酶在真空和水溶液中的扩展分子动力学(MD)模拟分析表明,可以将构型空间分为两个子空间:(1)一个只包含几个自由度的“基本”子空间,其中发生非谐运动,包括大多数位置涨落;(2)运动具有窄高斯分布且可被视为“物理约束”的剩余空间。如果消除整体平移和旋转,则可以通过笛卡尔坐标空间中的简单线性变换来构造这两个空间,该变换在几百皮秒以上仍然有效。变换是根据位置偏差的协方差矩阵进行的。基本自由度似乎描述了与蛋白质功能相关的运动,而物理约束子空间仅描述了不相关的局部波动。后一个子空间的近约束行为允许分离运动方程,并保证了独立研究基本空间和仅在该简化空间中执行动力学模拟的可能性。

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