跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
1994年11月11日;22(22):4768-78.
doi:10.1093/nar/22.22.4768。

在大肠杆菌DNA中发现基因的隐马尔可夫模型

附属公司
免费PMC文章

在大肠杆菌DNA中发现基因的隐马尔可夫模型

克洛赫等。 核酸研究
免费PMC文章

摘要

利用Kenn Rudd维护的EcoSeq6数据库中的大肠杆菌基因组DNA序列,开发了一种隐马尔可夫模型(HMM)来寻找大肠杆菌DNA中的蛋白质编码基因。该HMM包括模拟大肠杆菌基因中密码子及其频率的状态,以及基因间区域中发现的模式,包括重复的外源回文序列和Shine-Delgarno基序。为了解释原始基因组DNA序列中潜在的测序错误和/或移码,它允许(极不可能)在密码子中插入和删除单个核苷酸。HMM的参数是使用EcoSeq6中约100万个带注释DNA的核苷酸进行估计的,模型是在包含约325000个核苷酸的不相交连接体上进行测试的。HMM发现了约80%已知大肠杆菌基因的准确位置,约10%的基因的近似位置。它还发现了几个潜在的新基因,并定位了几个可能存在插入或删除错误和/或移码的位置。

PubMed免责声明

类似文章

引用人

工具书类

    1. 单元格。1984年7月;37(3):1015-26-公共医学
    1. Proc Int Conf智能系统分子生物学。1993;1:47-55-公共医学
    1. 公牛数学生物学。1989;51(1):79-94-公共医学
    1. 公牛数学生物学。1989;51(1):95-115-公共医学
    1. 方法酶制剂。1990;183:163-80-公共医学

出版物类型