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.1994年11月25日；22(23):4953-7.
doi:10.1093/nar/22.23.4953。

大肠杆菌mRNAs Shine-Dalgarno序列与翻译起始密码子最佳比对间距的测定

H Chen先生 1, M Bjerknes公司, R库马尔, E杰伊
附属公司

大肠杆菌mRNAs Shine-Dalgarno序列与翻译起始密码子最佳比对间距的测定

H Chen先生等。 核酸研究. .

摘要

原核mRNA核糖体结合位点（RBS）通常包含部分或全部被称为Shine-Dalgarno（SD）序列的多尿结构域UAAGGAGGU，该序列距离翻译起始密码子只有5'。现在很清楚，SD序列对于核糖体识别mRNA上的翻译起始位点很重要，因此，SD和起始密码子之间的间距强烈影响翻译效率（1）。然而，还不清楚是否存在唯一的最佳间距。涉及间距定义和二级结构的复杂情况掩盖了问题。因此，我们通过将两系列不同间距和SD序列的合成RBS插入含有氯霉素乙酰转移酶基因的质粒载体中进行了系统研究。注意不要引入任何二级结构。蛋白质表达的测量表明，两个序列的最佳对齐间距均为5nt。由于对齐的间距自然对应于16S rRNA的3'-端和P位点之间的间距，我们得出结论，在没有其他复杂问题的情况下，存在唯一的最佳对齐SD-AUG间距。

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