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.1985年11月5日;186(1):117-28.
doi:10.1016/0022-2836(85)90262-1。

严格的DNA序列模式识别方法。大肠杆菌启动子序列分析

DNA序列的严格模式识别方法。大肠杆菌启动子序列分析

D J盛会等。 分子生物学杂志. .

摘要

定义大肠杆菌RNA聚合酶启动子序列的序列特征的基本性质已通过多种生化和遗传方法确定。我们开发了严格的分析方法,用于发现在一组序列中不完全出现的未知模式,并用它们检查了一组细菌启动子。该算法很容易发现-10和-35区域的“一致”序列,这些序列与之前的分析结果基本相同,但不需要对常见模式进行事先假设。通过明确指定搜索一致序列的性质,我们对这一概念给出了一个应广泛适用的严格定义。我们还对序列集合中发现的常见模式的统计显著性进行了估计。除了为定义已知共识区域提供严格的基础外,我们还发现这些启动子中可能具有功能意义的其他特征。这些新增功能位于-35区域的两侧。使用标准字母表(A、G、C和T)发现了-35区域的5’或上游模式,但-10和-35区域之间的模式只能在子字母表中检测到。最近有关DNA序列与螺旋构象的结果表明,前一种(上游)模式可能具有功能意义。从这个角度讨论了启动子功能中的可能作用,并报道了一个涉及上游区域的启动子功能改变的观察结果,似乎支持至少一种情况下的功能暗示。

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