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.2023年5月2日：13:1168710。
doi:10.3389/fonc.2023.1168710。 eCollection 2023年。

定量免疫调节蛋白的多重分析支持免疫治疗临床试验的相关研究

杰弗里·怀特克 1, 赵磊 1, Regine M Schoenherr女士 1, 黄东青 1, 瑞秋·A·伦丁 1, 乌里安娜·沃托维奇 1, 雅各布·肯尼迪 1, 理查德·艾维 1, 陈伟林 1, 奥斯卡·D·莫里罗 1, 特拉维斯·D·洛伦岑 1, 西蒙娜·科兰托尼奥 2, 泰莎·W·卡塞雷斯 2, 朗达·R·罗伯茨 2, 约瑟夫·G·诺茨 2, 约书亚·J·雷丁 2, 坎迪斯·D·佩里 2, 克里斯托弗·理查德森 2, 桑德拉·加西亚-邦特利 2, 威廉·博西克 2, 斯蒂芬·休伊特 三, 什拉班蒂·乔杜里 4, 杰基·范德米尔 1 5, 斯蒂芬·德·史密斯 1 5, Ajay K戈帕尔 1 5, 尼拉莎·兰楚伦 6, 史蒂芬·P·弗林 6, 王培（音译） 4, 阿曼达·G·保罗维奇 1
附属公司

定量免疫调节蛋白的多重分析支持免疫治疗临床试验的相关研究

杰弗里·怀特克等。 前Oncol. .

摘要

简介：免疫疗法是一种有效的治疗癌症患者的方法，将免疫疗法的益处扩大到所有癌症患者将需要反应和免疫相关不良事件（irAE）的预测性生物标志物。为了支持免疫疗法临床试验中的相关研究，我们正在开发高度验证的测定方法，以量化人类生物样本中的免疫调节蛋白。

方法：在这里，我们开发了一组新的单克隆抗体，并将其并入一种新的、基于多重免疫反应监测质谱（MRM-MS）的蛋白质组分析中，该蛋白质组分析针对49个代表43种免疫调节蛋白的蛋白型肽。

结果和讨论：在人体组织和血浆基质中验证了多重分析，其中定量线性>3个数量级，日间CV中值为8.7%（组织）和10.1%（血浆）。在接受免疫检查点抑制剂的淋巴瘤患者的临床试验中收集的血浆样本中进行了该试验的初步验证。我们提供检测和新型单克隆抗体，作为生物医学界的公开资源。

关键词：相关生物标志物；免疫-MRM；免疫肿瘤学；免疫治疗；蛋白质组学；靶向蛋白质组学。

PubMed免责声明

利益冲突声明

JW是CellCarta的顾问。S.D.S.接受ADC Therapeutics、阿斯利康、拜耳、BeiGene、De Novo Biopharma、Enterome、Genentech、Incyte Corporation、Kymera Therapeutics、Merck Sharp&Dohme Corp.、MorphoSys、南京制药有限公司和Viracta Therapeustics的研究资助，并为ADC Therapeutics、阿斯利克、BeiGene、Epizyme、，Karyopharm、Kite Pharma、Incyte、Numab Therapeutics和AbbVie。AG从默克、I-Mab Bio、IgM Bio、武田、吉列德、阿斯利康、Agios、Janssen、BMS、SeaGen、Teva和Genmab获得资金，并向Incyte、Kite、MorphoSys/Incyte、ADCT、Acrotech、默克、Karyopharm、Servier、BeiGene、Celletar、Jansen、SeaGene、Epizyme、I-Mab-Bio、吉列、Genentech、礼来、Caribous和Fresenius-Kabi提供咨询。AP是精密分析的创始人，也是CellCarta的顾问。其余作者声明，该研究是在没有任何可能被解释为潜在利益冲突的商业或金融关系的情况下进行的。

数字

图1
图1
根据适合用途的验证指南对复合分析面板进行了表征。（A）以组织和血浆基质中的响应曲线为特征的分析的优值。PMS1肽LDELLQSQIEK的代表性响应曲线显示在组织裂解液和血浆中。相关系数的分布(R（右） 2)FFPE组织、冷冻组织和血浆基质中测定的定量下限（LLOQ）。（B）以组织和血浆为特征的重复性。对于每个基质，显示了在覆盖线性范围的三种浓度（低、中、高）下测量的日内（IntraCV）和日间（InterCV）分析重复性。每个点是在5天内测量的三份样品的%CV(n个=每种浓度的肽为15）。内源性测量是指在5天内测量的五个重复的LLOQ上方检测到的内源性肽的日内（IntraCV）和日间（InterCV）变异性(n个= 25).（C）稳定性显示了两种条件下相对百分比差异的分布：i）在4°C下储存24小时，ii）两次冻融循环后，与即时分析相比。（D）分析物连续富集结果的相关图（从流通中获取）与使用冷冻肺组织裂解物直接富集（从原始样品中捕获）。（E）相关系数的分布(R（右） 2)细胞裂解液线性稀释液中LLOQ以上检测到的肽。使用log（10）峰面积比绘制稀释曲线（轻：重）与log（10）输入金额。对于方框图，线条显示中值，方框显示四分位范围，胡须显示5%-95%的数据。
图2
图2
组织和血浆中内源性蛋白质定量的应用。（A）从11种肿瘤类型的102个肿瘤中获得冷冻组织。饼图中显示了每种类型的数量。（B）肽检测的分布以直方图形式绘制，显示110个冷冻肿瘤中LLOQ以上检测到的肽数量。（C）根据使用500μg蛋白质消化物输入测量的信噪比推断出组织量减少时预计可检测的分析物数量。误差条显示95%置信区间。（D）肽检测的分布绘制为直方图，显示在9个FFPE肿瘤中LLOQ以上检测到的肽的数量。（E）如饼图所示，为48名患有乳腺、结肠直肠或卵巢肿瘤的患者采集了血浆样本。（F）肽检测的分布以直方图形式绘制，显示了使用100μl等分血浆作为输入，在45份血浆中LLOQ以上检测到的肽数量。
图3
图3
免疫检查点抑制剂pembrolizumab治疗后血浆表达水平的变化。在两个时间点，即治疗前（基线）和第2周期或治疗的第一天（C2D1），从4名接受免疫检查点抑制剂（pembrolizumab）治疗的滤泡性淋巴瘤患者采集血浆。方框图显示了表达的分布，测量为轻内源性：重内标物的峰面积比。每个患者的成对样本用实心黑线连接。肽标签显示基因符号，其后是肽序列的前四个氨基酸；分析面板显示在括号中。实心水平线表示中间峰面积比，方框表示四分位范围，垂直线表示5-95第个百分位数。重要性表示为第页-来自双边成对的值t吨-测试。
图4
图4
多重分析使免疫治疗临床试验的相关研究成为可能。（A）67份血清和67份血浆样品中测定的76种肽的峰面积比（轻内源性：重内标）与定量限的相关性。（B）血清和血浆中测得的每个肽的相关系数直方图。（C）方框图显示了血清和血浆中存在差异的肽的多肽丰度对数（2）。图中显示了血浆和血清中升高的前三肽。（D）方框图显示血浆中纵向测量的肽的对数（2）峰面积比差异。时间点表示为治疗前（Pre）、治疗第2周期（C02）和治疗结束（EOT）。（E）根据反应组[完全缓解/部分缓解（CR/PR）和稳定/进展性疾病（SD/PD）]，在EOT和C02给药之间测量IL6R和MST1肽的表达差异。肽标签显示基因符号，后面跟着肽序列的前四个氨基酸；括号中指示了化验面板。所有方框图均显示中值（水平条）、四分位范围（方框）和5-95百分位（胡须）。显著性由FDR调整表示第页-值。
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