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.2022年4月4日；220（4）：国际建筑协会003。
doi:10.1093/genetics/iyac003。

2022年的WormBase——用于分析秀丽隐杆线虫的数据、过程和工具

保罗·戴维斯 1, Magdalena Zarowiecki女士 1, 瓦莱里奥·阿纳博尔迪 2, 安德烈斯·贝塞拉 1, 斯科特·凯恩 三, Juancarlos Chan先生 2, 陈文杰（Wen J Chen） 2, 周杰英 2, 爱德华多·达·维加·贝尔特拉姆 2, 斯塔夫罗斯·迪亚曼塔基斯 1, 西比尔·高 三, 格里戈里亚迪斯酒神 1, 克里斯蒂安·格罗夫 2, 托德·W·哈里斯 三, 兰贾纳·基肖尔 2, 团乐 1, 雷蒙德·Y·N·李 2, 曼努埃尔·卢佩特 1, 汉斯·迈克尔·米勒 2, 塞西莉亚·中村 2, 保罗·努因 三, 迈克尔·波里尼 1, 马克·昆顿·图洛赫 1, 丹妮拉·拉西蒂 2, 费伊·罗杰斯 4, 马修·罗素 1, 加里·辛德尔曼 2, 阿尔卡娜·辛格 4, 蒂姆·斯蒂克兰 4, 金伯利·范·奥肯 2, 王庆华 2, 加里·威廉姆斯 1, 亚当·赖特 三, 卡伦·尤克（Karen Yook） 2, 马特·贝里曼 4, 凯文·勒·豪 1, 蒂姆·谢德尔 5, 林肯·斯坦 三, 保罗·斯特恩伯格 2
附属公司

WormBase 2022年用于分析秀丽隐杆线虫的数据、过程和工具

保罗·戴维斯等。 遗传学. .

摘要

WormBase（www.WormBase.org）是线虫秀丽隐杆线虫遗传学和基因组学的中央存储库。我们为研究界提供数据和工具，以促进利用秀丽线虫和相关线虫作为模式生物，研究人类健康、发展和基础生物学的许多方面。在我们22年的历史中，我们不断发展，以反映秀丽线虫研究所涉及的科学和技术的进步和创新。我们努力整合新的数据类型和更丰富的数据集，并提供综合显示和服务，以利用已出版的线虫遗传学文献所产生的知识。在这里，我们从数据类型、管理工作流、分析和工具方面对WormBase的当前状态进行了全面概述，包括单单元格数据分析、文本挖掘和可视化以及新的社区协作论坛方面令人兴奋的新进展。与此同时，我们将继续与基因组资源联盟（Alliance of Genome Resources）集成和协调基础设施、流程和工具，WormBase是该联盟的创始成员。

关键词：秀丽隐杆线虫；注释；盲肠结肠炎；社区；策展；数据；数据库；基因；健康；人；文学；采矿；模型；线虫；平台；研究；资源；软件；工具。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
通过自定义接口在WormBase中提供RNA-Seq表达数据的示例。a） 不同研究确定的条件下的FPKM表达；左侧面板是研究选择器，右侧面板显示所选研究的数据；b） 高访问率modENCODE RNA-Seq数据语料库的自定义绘图。
图2。
图2。
对于单细胞数据，WormBase开发了两个web应用程序，用于在注释的细胞类型中轻松执行差异基因表达分析（scdefg app）和基因表达可视化（wormcells-viz app）。
图3。
图3。
Wormicloud根据您输入的单词从科学文献中创建单词云（在本例中输入的是“WormBase”）。
图4。
图4。
Vennter工具允许研究人员可视化可用的交互作用，选择感兴趣的交互类型，并检索与聚焦基因交互的基因列表。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

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