Discovering and Summarizing Relationships Between Chemicals, Genes, Proteins, and Diseases in PubChem

doi:10.3389/frma.2021.689059

.2021年7月12:6:689059。

doi:10.3389/frma.2021.689059。 eCollection 2021年。

发现和总结PubChem中化学物质、基因、蛋白质和疾病之间的关系

列奥尼德·扎斯拉夫斯基¹, 郑铁军¹, 阿斯塔·金杜利特¹, 何思谦¹, Sunghwan Kim先生¹, 李清亮¹, 保罗·泰森¹, 薄玉¹, 埃文·博尔顿¹

附属公司

PMID： 34322655
预防性维修识别码： PMC8311438号
内政部： 10.3389美元/月.2021.689059美元

发现和总结PubChem中化学物质、基因、蛋白质和疾病之间的关系

列奥尼德·扎斯拉夫斯基等。前Res Metr Ana. 2021.

.2021年7月12日6:689059。

doi:10.3389/frma.2021.689059。 eCollection 2021年。

作者

列奥尼德·扎斯拉夫斯基¹, 郑铁军¹, 阿斯塔·金杜利特¹, 何思谦¹, Sunghwan Kim先生¹, 李清亮¹, 保罗·泰森¹, 薄玉¹, 埃文·博尔顿¹

附属

¹美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家医学图书馆国家生物技术信息中心。

PMID： 34322655
预防性维修识别码： PMC8311438号
内政部： 10.3389/frma.2021.689059

摘要

描述了PubChem开发和实施的文献知识小组。通过分析生物医学文献摘要中术语的共现现象，这些有助于揭示和总结化学物质、基因、蛋白质和疾病之间的重要关系。PubMed记录中的命名实体与PubChem中的化学名称、医学主题标题（MeSH）中的疾病名称以及流行基因/蛋白质信息资源中的基因/蛋白质名称相匹配，并使用统计分析和基于相关性的抽样确定最密切相关的实体。PubChem Compound、protein和gene页面中包含了化学、疾病和基因/蛋白质实体共现的知识面板，并以紧凑的形式对其进行了总结。讨论了消除冗余和估计相关性得分的统计方法，以及依赖自动化（即非人工管理）方法操作来自多个异构源的数据的好处和缺点。

关键词：PubChem公司；数据挖掘；信息检索；知识发现；知识图谱；知识小组；知识总结；自然语言处理。

PubMed免责声明

利益冲突声明

作者声明，该研究是在没有任何可能被解释为潜在利益冲突的商业或金融关系的情况下进行的。

数字

图1
布洛芬的化学-化学共现面板（CID 3672），可访问：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/composite/3672#section=化学-文学中的共现现象.

图2
布洛芬化学-基因共现面板（CID 3672），可访问：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/composite/3672#section=化学-文献中的基因共现现象.

图3
布洛芬化学疾病共现面板（CID 3672），可访问：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/composite/3672#section=化学-文献中的疾病共发事件.

图5
PubMed记录中化合物（A）、基因/蛋白质（B）和疾病（C）的出现次数。

图8
PMID 33053716中维生素B2和钴的注释“*家畜维生素B12与钴代谢关系的研究进展*”.

**图10**
在PubMed中，D-葡萄糖（A）的相关评分值直方图记录了D-葡萄糖与胆固醇的共同提及，（B）在PubMet中，D葡萄糖与任何PubChem化合物的共同提及。

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