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.1987年11月20日;198(2):327-37.
doi:10.1016/0022-2836(87)90316-0。

蛋白质序列快速多重比对的策略。三级结构比较的置信水平

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蛋白质序列快速多重比对的策略。三级结构比较的置信水平

G J巴顿等人。 分子生物学杂志. .

摘要

提出了一种精确快速的蛋白质序列多重比对算法。该方法基于成对对准的传统动态规划方法。最初,两个序列对齐,然后第三个序列与序列一和序列二对齐。类似地,第四个序列与一、二和三对齐。重复此操作,直到所有序列都对齐。然后执行迭代以生成最终对齐。序列比对的准确性是通过蛋白质家族中二级结构的比对来评估的。对于珠蛋白,多重比对的准确率平均为99%,而序列的两两比较的准确率为90%。对于免疫球蛋白恒定和可变结构域的比对,使用多个序列获得63%的平均比对准确度,而单个可变/恒定比对的平均比对精确度为41%。多重比对算法产生了哺乳动物血清转铁蛋白中二硫键连接性的分配,该分配与晶体学数据一致,而两两比对给出了另一种分配。

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