STRING v11: protein-protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets

doi:10.1093/nar/gky1131

.2019年1月8日；47（D1）：D607-D613。

doi:10.1093/nar/gky1131。

STRING v11：覆盖范围增加的蛋白质关联网络，支持全基因组实验数据集中的功能发现

附属公司

¹苏黎世大学分子生命科学研究所和瑞士生物信息学研究所，瑞士苏黎世8057。
²诺和诺德基金会蛋白质研究中心，哥本哈根大学，2200哥本哈根N，丹麦。
^三马德里政治大学（UPM）-国家农业技术研究所（INIA）生物技术与植物研究中心（Centro de Biotecnologia y Genómica de Plantas），28223马德里，西班牙。
⁴哥本哈根大学非编码RNA技术与健康中心，丹麦哥本哈根北部2200号。
⁵美国加利福尼亚大学旧金山分校生物计算、可视化和信息学资源，邮编：94158-2517。
⁶德国海德堡69117号欧洲分子生物学实验室结构和计算生物学单元。
⁷德国海德堡大学和欧洲分子生物学实验室分子医学合作单位，69117。
⁸马克斯·德布吕克分子医学中心，德国柏林13125。
⁹德国维尔茨堡大学生物中心生物信息学系，邮编97074。

PMID： 30476243
预防性维修识别码： PMC6323986型
内政部： 10.1093/nar/gky1131年10月10日

STRING v11：覆盖范围增加的蛋白质关联网络，支持全基因组实验数据集中的功能发现

达米安·什克拉茨克等。核酸研究. 2019.

.2019年1月8日；47（D1）：D607-D613。

doi:10.1093/nar/gky1131。

附属公司

¹苏黎世大学分子生命科学研究所和瑞士生物信息学研究所，瑞士苏黎世8057。
²诺和诺德基金会蛋白质研究中心，哥本哈根大学，2200哥本哈根N，丹麦。
^三马德里政治大学（UPM）-国家农业技术研究所（INIA）生物技术与植物研究中心（Centro de Biotecnologia y Genómica de Plantas），28223马德里，西班牙。
⁴哥本哈根大学非编码RNA技术与健康中心，丹麦哥本哈根北部2200号。
⁵生物计算、可视化和信息学资源，加利福尼亚大学旧金山分校，CA 94158-2517，美国。
⁶德国海德堡69117号欧洲分子生物学实验室结构和计算生物学单元。
⁷德国海德堡大学和欧洲分子生物学实验室分子医学合作单位，69117。
⁸马克斯·德布吕克分子医学中心，德国柏林13125。
⁹德国维尔茨堡大学生物中心生物信息学系，邮编97074。

PMID： 30476243
预防性维修识别码： PMC6323986型
内政部： 10.1093/nar/gky1131年10月10日

摘要

蛋白质及其功能相互作用形成了细胞机制的主干。为了充分理解生物现象，需要考虑它们的连接性网络，但关于蛋白质关联的可用信息是不完整的，并且表现出不同程度的注释粒度和可靠性。STRING数据库旨在收集、评分和整合所有公开的蛋白质相互作用信息来源，并用计算预测来补充这些信息。其目标是实现全面客观的全球网络，包括直接（物理）和间接（功能）互动。最新版本的STRING（11.0）覆盖的生物体数量增加了一倍多，达到5090个。最重要的新功能是可以上传整个基因组数据集作为输入，允许用户将子集可视化为交互网络，并对整个输入执行基因集富集分析。对于富集分析，STRING实现了众所周知的分类系统，如基因本体和KEGG，但也提供了基于高通量文本挖掘以及关联网络本身的层次聚类的额外、新的分类系统。STRING资源可在线访问https://string-db.org/。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
STRING中的典型关联网络。选择酵母朊蛋白样蛋白URE2作为输入。该网络已被额外的10个蛋白质扩展（通过STRING界面中的“更多”按钮），显示交互链接的置信区间已设置为“最高”（0.900）。右边的插图显示了STRING中各种证据类型中有多少项对这个特定的网络有贡献（计数表示有多少记录覆盖了网络中至少两种蛋白质；并非所有这些记录在分数校准后都贡献了高分链接）。

**图2。**
基因组大小输入集的功能富集分析。一个比较转移性黑色素瘤细胞与正常皮肤组织（62）的表达数据集已提交给STRING，每个基因的平均对数倍变化值（负值表示黑色素瘤中的细胞耗尽）。该屏幕截图显示了STRING如何呈现和分组一些通路和功能子系统的统计富集观察结果。当鼠标悬停时，网站会在左侧的输入数据和右侧的全组织网络中突出显示相应的蛋白质。后者可以交互缩放，直到单个蛋白质及其邻居变得可辨别为止。在这里，突出显示的观察结果表明，黑色素瘤细胞中的桥粒下调，这一点通过PubMed上的几篇出版物而凸显出来，这些出版物讨论的蛋白质（桥粒蛋白质）在用户输入的一端高度富集。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

2023年的STRING数据库：任何感兴趣的测序基因组的蛋白质-蛋白质关联网络和功能富集分析。
Szklarczyk D、Kirsch R、Koutrouli M、Nastou K、Mehryary F、Hachilif R、Gable AL、Fang T、Doncheva NT、Pysalo S、Bork P、Jensen LJ、von Mering C。 Szklarczyk D等人。《核酸研究》2023年1月6日；51（D1）：D638-D646。doi:10.1093/nar/gkac1000。核酸研究2023。 PMID：36370105 免费PMC文章。
2021年的STRING数据库：可定制的蛋白质网络，以及用户加载的基因/测量集的功能特征。
Szklarczyk D、Gable AL、Nastou KC、Lyon D、Kirsch R、Pyysalo S、Doncheva NT、Legeay M、Fang T、Bork P、Jensen LJ、von Mering C。 Szklarczyk D等人。核酸研究，2021年1月8日；49（D1）：D605-D612。doi:10.1093/nar/gkaa1074。核酸研究2021。 PMID：33237311 免费PMC文章。
2017年的STRING数据库：质量控制蛋白质关联网络，可广泛访问。
Szklarczyk D、Morris JH、Cook H、Kuhn M、Wyder S、Simonovic M、Santos A、Doncheva NT、Roth A、Bork P、Jensen LJ、von Mering C。 Szklarczyk D等人。核酸研究2017年1月4日；45（D1）：D362-D368。doi:10.1093/nar/gkw937。Epub 2016年10月18日。 2017年核酸研究。 PMID：27924014 免费PMC文章。
使用STRING数据库合并硅内和体外唾液蛋白复合物伙伴：教程。
Crosara KTB、Moffa EB、Xiao Y、Siqueira WL。 Crosara KTB等人。蛋白质组学杂志。2018年1月16日；171:87-94. doi:10.1016/j.jprot.2017.08.002。Epub 2017年8月3日。蛋白质组学杂志。2018 PMID：28782718 审查。
相互作用网络：从蛋白质功能到药物发现。回顾。
Chautard E、Thierry-Mieg N、Ricard-Blum S。 Chautard E等人。《病理生物学》（巴黎）。2009年6月；57(4):324-33. doi:10.1016/j.patbio.2008.10.004。Epub 2008年12月13日。《病理生物学》（巴黎）。2009 PMID：19070972 审查。

查看所有类似文章

引用人

谷氨酰胺代谢相关基因预测急性髓性白血病的预后风险，并通过亚型分析对患者进行分层。
Zhou J、Zhang N、Zuo Y、Xu F、Cheng L、Fu Y、Yang F、Shu M、Zhou M、Zou W、ZhangS。周杰等。遗传。2024年9月19日；161(1):35. doi:10.1186/s41065-024-00338-8。遗传。2024 PMID：39300580
SPRR1B+角质形成细胞通过激活STAT3为口腔粘膜提供快速伤口愈合的原动力。
Xuanyuan X，Zhang L，Zheng Y，Jiang R，Ma Y，Liu R，Hou P，Lei M，Xu H，Zeng H。轩辕X等。公共生物。2024年9月16日；7(1):1155. doi:10.1038/s42003-024-06864-5。公共生物。2024 PMID：39300285
蛋白质组学特征确定EGFR和ALK野生型从不吸烟肺腺癌的临床亚群。
Kim H、Lee W、Kim Y、Lee SJ、Choi W、Lee GK、Park SJ、Ju S、Kim SY、Lee C、Han JY。 Kim H等人。实验分子医学2024年9月19日。doi:10.1038/s12276-024-01320-0。打印前在线。 2024年《实验分子医学》。 PMID：39300154
大孢子粘球菌的光形态发生：细胞发育光调节的新见解。
Graniczkowska KB、Bizhga D、Noda M、Leon V、Saraf N、Feliz D、Sharma G、Nugent AC、Singer M、StojkovićEA。 Graniczkowska KB等人。光化学光生物科学。2024年9月19日。doi:10.1007/s43630-024-00635-1。打印前在线。光化学光生物科学。2024 PMID：39298056
支气管肺发育不良氧化应激相关生物标志物的鉴定和验证。
邹Z，李毅，刘杰，黄B。邹Z等人。分子生物技术。2024年9月18日。doi:10.1007/s12033-024-01281-9。打印前在线。分子生物技术。2024 PMID：39292413

查看所有“引用者”文章

工具书类

1. 谢磊，伯恩P.E.。现有结构、结构基因组学目标和同源模型对人类基因组的功能覆盖。公共科学图书馆计算。生物学2005；1:e31。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Uhlen M.，Oksvold P.，Fagerberg L.，Lundberg E.，Jonasson K.，Forsberg M.，Zwahlen M..，Kampf C.，Wester K.，Hober S.等人。面向基于知识的人类蛋白质图谱。自然生物技术。2010; 28:1248–1250.-公共医学
1. UniProt联盟，T UniProt：通用蛋白质知识库。2018年核酸研究报告；45:D158–D169。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Ban N.、Nissen P.、Hansen J.、Moore P.B.、Steitz T.A.。2.4 A分辨率下大核糖体亚单位的完整原子结构。科学。2000; 289:905–920.-公共医学
1. Schuller J.M.、Falk S.、Fromm L.、Hurt E.、Conti E.。成熟前核糖体上捕获的核外体结构。科学。2018; 360:219–222.-公共医学

出版物类型

行动
行动
行动

赠款和资金

P41 GM103504/GM/NIGMS NIH HHS/美国

LinkOut-更多资源

[1] 谢磊，伯恩P.E.。现有结构、结构基因组学目标和同源模型对人类基因组的功能覆盖。公共科学图书馆计算。生物学2005；1:e31。-项目管理咨询公司-公共医学

[2] 谢磊，伯恩P.E.。现有结构、结构基因组学目标和同源模型对人类基因组的功能覆盖。公共科学图书馆计算。生物学2005；1:e31。-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Uhlen M.，Oksvold P.，Fagerberg L.，Lundberg E.，Jonasson K.，Forsberg M.，Zwahlen M..，Kampf C.，Wester K.，Hober S.等人。面向基于知识的人类蛋白质图谱。自然生物技术。2010; 28:1248–1250.-公共医学

[4] Uhlen M.，Oksvold P.，Fagerberg L.，Lundberg E.，Jonasson K.，Forsberg M.，Zwahlen M..，Kampf C.，Wester K.，Hober S.等人。面向基于知识的人类蛋白质图谱。自然生物技术。2010; 28:1248–1250.-公共医学

[5] UniProt联盟，T UniProt：通用蛋白质知识库。2018年核酸研究报告；45:D158–D169。-项目管理咨询公司-公共医学

[6] UniProt联盟，T UniProt：通用蛋白质知识库。2018年核酸研究报告；45:D158–D169。-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Ban N.、Nissen P.、Hansen J.、Moore P.B.、Steitz T.A.。2.4 A分辨率下大核糖体亚单位的完整原子结构。科学。2000; 289:905–920.-公共医学

[8] Ban N.、Nissen P.、Hansen J.、Moore P.B.、Steitz T.A.。2.4 A分辨率下大核糖体亚单位的完整原子结构。科学。2000; 289:905–920.-公共医学

[9] Schuller J.M.、Falk S.、Fromm L.、Hurt E.、Conti E.。成熟前核糖体上捕获的核外体结构。科学。2018; 360:219–222.-公共医学

[10] Schuller J.M.、Falk S.、Fromm L.、Hurt E.、Conti E.。成熟前核糖体上捕获的核外体结构。科学。2018; 360:219–222.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

STRING v11：覆盖范围增加的蛋白质关联网络，支持全基因组实验数据集中的功能发现

附属公司

STRING v11：覆盖范围增加的蛋白质关联网络，支持全基因组实验数据集中的功能发现

作者

附属公司

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

其他

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

其他