Strain-resolved analysis of hospital rooms and infants reveals overlap between the human and room microbiome

doi:10.1038/s41467-017-02018-w

.2017年11月27日；8(1):1814.

doi:10.1038/s41467-017-02018-w。

医院病房和婴儿的应变解析分析揭示了人体和病房微生物组之间的重叠

布兰登·布鲁克斯¹, 马修·奥姆¹, 布莱恩·费尔克², 罗宾·贝克^三, 布莱恩·托马斯⁴, 迈克尔·莫罗维茨², 吉利安·班菲尔德⁵

附属公司

¹加州大学伯克利分校植物与微生物生物学系，美国加州94720。
²匹兹堡大学医学院外科，匹兹堡，宾夕法尼亚州，15261，美国。
^三UPMC匹兹堡Magee-Womens医院新生儿医学科，宾夕法尼亚州匹兹堡，15224，美国。
⁴美国加州大学伯克利分校地球与行星科学、环境科学、政策与管理系，邮编94720。
⁵美国加州大学伯克利分校地球与行星科学、环境科学、政策与管理系，邮编94720。jbanfield@berkeley.edu。

PMID： 29180750
预防性维修识别码：项目编号5703836
内政部： 10.1038/s41467-017-02018-w

医院病房和婴儿的应变解析分析揭示了人体和病房微生物组之间的重叠

布兰登·布鲁克斯等。国家公社. 2017.

.2017年11月27日；8(1):1814.

doi:10.1038/s41467-017-02018-w。

作者

布兰登·布鲁克斯¹, 马修·奥姆¹, 布莱恩·费尔克², 罗宾·贝克^三, 布莱恩·托马斯⁴, 迈克尔·莫罗维茨², 吉利安·班菲尔德⁵

附属公司

¹加州大学伯克利分校植物与微生物生物学系，美国加州94720。
²匹兹堡大学医学院外科，匹兹堡，宾夕法尼亚州，15261，美国。
^三UPMC匹兹堡Magee-Womens医院新生儿医学科，宾夕法尼亚州匹兹堡，15224，美国。
⁴美国加州大学伯克利分校地球与行星科学、环境科学、政策与管理系，邮编94720。
⁵美国加州大学伯克利分校地球与行星科学、环境科学、政策与管理系，邮编94720。jbanfield@berkeley.edu。

PMID： 29180750
预防性维修识别码：项目编号5703836
内政部： 10.1038/s41467-017-02018-w

摘要

与足月儿相比，早产儿表现出不同的微生物群定植模式，推测病房环境可能有助于婴儿微生物群的发育。在这里，我们对婴儿胃肠道和新生儿重症监护室（NICU）环境中的微生物基因型进行了基因组解析的宏基因组研究。在住院婴儿中检测到的一些菌株也出现在水槽和表面，属于表皮葡萄球菌、粪肠球菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌等菌种，这些菌种经常与医院感染和早产儿肠道定植有关。在研究中检测到的15株肺炎克雷伯菌中，在婴儿肠道和房间样本中检测到4株。时间序列实验表明，几乎所有与婴儿肠道定植相关的菌株都可以在肠道检测后在室内检测到，通常在肠道检测之前。因此，我们得出结论，早产儿肠道定植的一个组成部分是房间和居住者之间的微生物交换循环。

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利益冲突声明

作者声明没有竞争性的经济利益。

数字

图1
在几个队列和年份的婴儿肠道中发现的亚种也存在于房间中。来自定义采样时间段（2011、2012、2013和2014队列）的粪便（第1、2、3和5列）和房间（第4列）样本排列在x轴。点表示包含给定亚种的每个队列中婴儿或第4列房间的百分比（前三个百分比最高的是为了清晰起见而标记的）。这个年axis标签表示gANI>99%的基因簇中的代表性基因型。名称中的第一个数字表示物种，第二个数字表示特定亚种。有关进一步的基因组聚类结果，请参阅补充数据3-11。只有在不同队列中或在婴儿和房间中发现的基因组才会显示出来。三角形表示被归类为持久性分类群（“持久性”）的有机体，因为它们出现在房间里，并且在婴儿队列中相隔超过1年

图2
房间里总是能检测到肠道菌株。所有房间样本的房间读数被映射到每个婴儿的去重复粪便基因组集。符号表示房间中存在至少99.999%ANI的粪便基因组。圆圈表示在婴儿所在的单独房间中检测到粪便基因组的情况，星星表示匹配的婴儿/房间对。擦拭、拭子和汇宏基因组分别用红色、绿色和蓝色填充

图3
5号婴儿的病房以及之前和之后住院婴儿的病房也出现了与5号婴儿相关的菌株。在频繁接触表面的拭子（黄色）、水槽（蓝色）和其他表面的抹布（绿色）中进行检测。结果按从左到右的时间顺序显示。从婴儿5的样本中提取的特定生命日的基因组用黑点表示。由于来自一种环境类型的房间样本是由婴儿或婴儿5的三个时间段汇集而成，因此用彩条指示菌株的房间检测

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1. Jovel J等人。使用16S或鸟枪宏基因组学对肠道微生物群进行表征。正面。微生物。2016;7:1–17. doi:10.3389/fmicb.2016.0459。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
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[1] Brooks B等人。新生儿重症监护室中的微生物与早产儿肠道中的微生物相似。微生物组。2014;2:1. doi:10.1186/2049-2618-2-1。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

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[7] Jovel J等人。使用16S或鸟枪宏基因组学对肠道微生物群进行表征。正面。微生物。2016;7:1–17. doi:10.3389/fmicb.2016.0459。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

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[10] Tenaillon O，Skunik D，Picard B，Denamur E。共生大肠杆菌的群体遗传学。自然修订版微生物。2010;8:207–217. doi:10.1038/nrmicro2298。-内政部-公共医学

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