deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis

doi:10.1093/nar/gkw257

.2016年7月8日；44（W1）：W160-5。

doi:10.1093/nar/gkw257。 Epub 2016年4月13日。

deepTools2：用于深度排序数据分析的下一代web服务器

菲德尔·拉米雷斯¹, 德文·P·瑞恩¹, 比约恩·格吕宁², 维维克·巴德瓦吉^三, 费比安·基尔珀特¹, 安德烈亚斯·里希特¹, 斯特芬·海恩¹, 弗里德里克·杜达尔⁴, 托马斯·曼克⁵

附属公司

¹马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所，79108弗莱堡，德国。
²弗莱堡大学计算机科学系，德国弗莱堡79110。
^三马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所，德国弗赖堡79108弗赖堡大学生物学院，德国弗赖堡79104。
⁴Weill Cornell医学院，应用生物信息学核心，生理学和生物物理系，纽约，NY 10065，美国。
⁵德国弗莱堡马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所，79108manke@ie-freiburg.mpg.de。

PMID： 27079975
PMCID公司：项目经理4987876
内政部： 10.1093/nar/gkw257

deepTools2：用于深度排序数据分析的下一代web服务器

菲德尔·拉米雷斯等。核酸研究. 2016.

.2016年7月8日；44（W1）：W160-5。

doi:10.1093/nar/gkw257。 Epub 2016年4月13日。

作者

菲德尔·拉米雷斯¹, 德文·P·瑞恩¹, 比约恩·格林², 维维克·巴德瓦吉^三, 费边·基尔珀特¹, 安德烈亚斯·里希特¹, 斯特芬·海恩¹, 弗里德里克·杜达尔⁴, 托马斯·曼克⁵

附属公司

¹马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所，79108弗莱堡，德国。
²弗莱堡大学计算机科学系，德国弗莱堡79110。
^三马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所，德国弗赖堡79108弗赖堡大学生物学院，德国弗赖堡79104。
⁴Weill Cornell医学院，应用生物信息学核心，生理学和生物物理系，纽约，NY 10065，美国。
⁵德国弗莱堡马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所，79108manke@ie-freiburg.mpg.de。

PMID： 27079975
PMCID公司：项目经理4987876
内政部： 10.1093/nar/gkw257

摘要

我们对基于Galaxy的web服务器进行了更新，以处理和可视化深度排序的数据。其核心工具集deepTools允许用户执行完整的生物信息工作流，从质量控制和对齐读取的规范化到综合分析，包括聚类和可视化方法。自2014年首次描述deepTools Galaxy服务器以来，我们已经为社区和用户的许多请求实施了新的解决方案。在这里，我们引入了显著的增强功能和新工具，以进一步改进数据可视化和解释。deepTools继续向所有用户开放，并在deepTools.ie-freiburg.mpg.de上作为web服务免费提供。新的deepTools2套件可以通过工具库轻松部署在任何Galaxy框架中，我们还提供了在Linux和Mac OS X下使用命令行的源代码。还提供了用于访问deepTools功能的公共和文档化API。

©作者2016。由牛津大学出版社代表核酸研究出版。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
deepTools2增强了质量控制、数据缩减、深度排序数据的规范化和可视化功能。(A类)deepTools2附带两个新的质量控制工具：*绘图封面*，显示测序深度分布；和*绘制PCA*，绘制主成分分析结果*（PCA）*在BAM或bigWig文件上。(B类)通过标准化bigWig轨迹实现信号可视化，由deepTools’*bam比较*（ChIP-seq样本）和*bam覆盖率*，现在可以处理MNase和strand-specific RNA-seq样本。在基因轨迹中，灰色代表未翻译区域，细线代表内含子。(C类)*计算机矩阵*和*plot热图*用于总结和聚类基因组区间内的多个bigWig得分。图像显示了结果k个-指三个组蛋白标记的ChIP-seq信号在基因转录起始位点周围的聚集（带有k个= 2). 随后，使用聚集区域绘制MNase-seq和CAGE读取覆盖率。在图像中，每一行对应于相同的基因组区域。(D类)*绘图配置文件*现在提供了其他可视化方法。顶部面板显示不同样本和不同区域簇的平均信号（左侧和右侧绘图）。在中间，相同的轮廓表示为热图。底部面板显示了汇总配置文件，其中颜色对应于每个集群内观察到的信号频率。所有数据都来自*黑腹果蝇*S2细胞系和可公开获得（参见“接入号码”一节）。

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