Competition between DNA methylation and transcription factors determines binding of NRF1

doi:10.1038/nature16462

.2015年12月24日；528(7583):575-9.

doi:10.1038/nature16462。 Epub 2015年12月16日。

DNA甲基化和转录因子之间的竞争决定NRF1的结合

西尔维娅·多姆克^1 2, 阿娜·弗洛里·巴德特¹, 保罗·阿德里安·金诺¹, 多米尼克·哈特尔^1 2, 卢卡斯汉堡^1 三, 德克·舒贝尔^1 2

附属公司

¹弗里德里希·米歇生物医学研究所，瑞士巴塞尔CH 4058莫比尔大街66号。
²巴塞尔大学科学院，Petersplatz 1，CH 4003 Basel，Switzerland。
^三瑞士生物信息学研究所，瑞士巴塞尔CH 4058 Maulbeerstrasse 66。

PMID： 26675734
内政部： 10.1038/自然16462

DNA甲基化和转录因子之间的竞争决定NRF1的结合

西尔维娅·多姆克等。自然. 2015.

.2015年12月24日；528(7583):575-9.

doi:10.1038/nature16462。 Epub 2015年12月16日。

作者

西尔维娅·多姆克^1 2, 阿娜·弗洛里·巴德特¹, 保罗·阿德里安·金诺¹, 多米尼克·哈特尔^1 2, 卢卡斯汉堡^1 三, 德克·舒贝尔^1 2

附属公司

¹弗里德里希·米歇生物医学研究所，瑞士巴塞尔CH 4058莫比尔大街66号。
²巴塞尔大学科学院，Petersplatz 1，CH 4003 Basel，Switzerland。
^三瑞士生物信息学研究所，瑞士巴塞尔CH 4058 Maulbeerstrasse 66。

PMID： 26675734
内政部： 10.1038/自然16462

摘要

真核转录因子（TF）是基因活性的关键决定因素，但在任何给定的细胞类型中，它们只结合其相应DNA序列基序的一小部分。染色质有可能限制结合位点的可及性；然而，染色质状态在何种情况下对TF结合有指导意义，目前尚不清楚。为了探讨DNA甲基化对限制性TF结合的贡献，我们在存在和不存在DNA甲基化的小鼠干细胞中定位了DNase-I超敏位点。含有CpG的TF基序富含甲基化限制位点，尤其是NRF1基序。事实上，TF NRF1在非甲基化基因组中占据了数千个额外的位点，导致转录增加。恢复从头甲基转移酶活性会在这些位点启动重甲基化，并竞争NRF1结合。这表明DNA-甲基化敏感TF的结合依赖于其他决定簇诱导局部低甲基化。为了支持这一模型，顺式或反式TF中相邻基序的去除会导致局部超甲基化和NRF1结合的丢失。DNA甲基化和体内TF之间的竞争揭示了TF之间通过DNA甲基化间接发挥作用的协同作用。甲基化敏感因子去除甲基化使甲基化敏感因素得以占据，这是一个合理化调节区域低甲基化的原则。

PubMed免责声明

中的注释

需要好邻居：转录因子需要局部DNA低甲基化以结合靶点。
Karemaker ID，Vermeulen M。 Karemaker ID等人。 EMBO J.2016年2月15日；35(4):374-5. doi:10.15252/embj.201593750。Epub 2016年1月12日。 EMBO J.2016。 PMID：26758545 免费PMC文章。

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