DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their binding specificity

doi:10.1038/nature15518

.2015年11月19日；527(7578):384-8.

doi:10.1038/nature15518。 Epub 2015年11月9日。

依赖DNA的转录因子对的形成改变其结合特异性

附属公司

¹瑞典SE 14183卡罗林斯卡研究所生物科学与营养系。
²法国格勒诺布尔38043欧洲同步辐射设施。
^三芬兰赫尔辛基大学基因组生物学项目，邮政信箱63，FI-00014。

PMID： 26550823
内政部： 10.1038/自然15518

依赖DNA的转录因子对的形成改变其结合特异性

阿图·乔尔马等人。自然. 2015.

.2015年11月19日；527(7578):384-8.

doi:10.1038/nature15518。 Epub 2015年11月9日。

附属公司

¹瑞典卡罗琳斯卡研究所生物科学与营养系，SE 141 83。
²法国格勒诺布尔38043欧洲同步辐射设施。
^三芬兰赫尔辛基大学基因组生物学项目，邮政信箱63，FI-00014。

PMID： 26550823
内政部： 10.1038/自然15518

摘要

基因表达受转录因子（TFs）调节，TFs是识别短DNA序列基序的蛋白质。这种序列在人类基因组中非常常见，基因表达特异性的一个重要决定因素是多个TF与紧密定位的基序的协同结合。然而，DNA-结合TF之间的相互作用尚未得到系统表征。为了识别与DNA协同结合的TF对，并表征其间距和取向偏好，我们通过指数富集（CAP-SELEX）分析9400个TF-TF-DNA相互作用对配体进行了连续亲和纯化系统进化。该分析揭示了315个TF-TF相互作用，识别了618个异二聚体基序，其中大多数以前没有描述过。观察到的合作性在不同结构家族的TF之间杂乱无章地发生。TF对的结构分析，包括结合到其识别位点的MEIS1和DLX3的新晶体结构，表明TF之间的相互作用主要由DNA介导。大多数已鉴定的TF对位点涉及单个TF识别基序之间的大量重叠，并导致识别与单个TF基序显著不同的复合位点。总之，我们的结果表明，DNA分子通常在定义基因调控词汇的协同作用中发挥积极作用。

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