doi:10.1093/nar/gkv715。
Epub 2015年7月15日。
无重复序列的全基因组亚硫酸氢钠测序数据中差异甲基化区域的检测
附属公司
附属公司
- 1埃默里大学罗林斯公共卫生学院生物统计和生物信息学系。克利夫顿路1518号。美国佐治亚州亚特兰大市，邮编：30322hao.wu@emory.edu。
- 2埃默里大学数学与计算机科学系。400 Dowman博士，W401。美国佐治亚州亚特兰大30322。
- 三埃默里大学罗林斯公共卫生学院生物统计和生物信息学系。克利夫顿路1518号。美国佐治亚州亚特兰大30322。
- 4埃默里大学医学院人类遗传学系。美国佐治亚州亚特兰大市迈克尔街615号，邮编：30322。
剪贴板中的项目
无重复序列的全基因组亚硫酸氢钠测序数据中差异甲基化区域的检测
郝武等。
核酸研究.
.
doi:10.1093/nar/gkv715。
Epub 2015年7月15日。
附属公司
- 1埃默里大学罗林斯公共卫生学院生物统计和生物信息学系。克利夫顿路1518号。美国佐治亚州亚特兰大市，邮编：30322hao.wu@emory.edu。
- 2埃默里大学数学与计算机科学系。400 Dowman博士，W401。美国佐治亚州亚特兰大30322。
- 三埃默里大学罗林斯公共卫生学院生物统计和生物信息学系。克利夫顿路1518号。美国乔治亚州亚特兰大30322。
- 4埃默里大学医学院人类遗传学系。美国佐治亚州亚特兰大市迈克尔街615号，邮编：30322。
剪贴板中的项目
摘要
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，参与许多生物过程和疾病。全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）技术的最新发展使全基因组DNA甲基化测量能够以单碱基对分辨率进行。为了确定差异甲基化区域（DMR），已经进行了许多实验来比较不同生物背景下的DNA甲基化特征。由于WGBS实验的高成本，许多研究仍在没有生物复制品的情况下进行。可用于分析此类数据的方法和工具非常有限。我们开发了一种统计方法，DSS single，用于在没有重复的情况下从WGBS数据中检测DMR。我们使用一个严格的模型来描述计数数据，该模型解释了甲基化水平、序列深度和生物变异的空间相关性。我们证明，利用邻近CG位点的信息，即使没有重复，也可以准确估计生物变异。然后通过Wald测试程序进行DMR检测。模拟表明，DSS-single比现有方法具有更高的灵敏度和准确性，对H1和IMR90细胞系的分析表明，它也产生了最具生物学意义的结果。DSS单体在生物导体包DSS中实现。
©作者2015。由牛津大学出版社代表核酸研究出版。
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