DIANA-miRPath v3.0: deciphering microRNA function with experimental support

doi:10.1093/nar/gkv403

.2015年7月1日；43（W1）：W460-6。

doi:10.1093/nar/gkv403。 Epub 2015年5月14日。

DIANA-miRPath v3.0：在实验支持下破译microRNA功能

Ioannis S Vlachos公司¹, Konstantinos Zagganas公司², 玛丽亚·D·帕拉斯克沃普卢^三, 乔治奥·乔治亚基拉斯^三, 迪米特拉·卡拉古尼^三, Vergoulis沙那氏菌⁴, 西奥多·达拉马加⁵, 阿尔特米斯·G·哈齐格奥尔古⁶

附属公司

¹DIANA-Lab，塞萨利大学电气与计算机工程系，382 21 Volos，希腊实验外科和外科研究实验室‘N.S.Christeas’，雅典大学医学院，希腊雅典11527ivlachos@lessr.eu。
²“雅典娜”研究与创新中心，11524雅典，希腊佩罗蓬尼索斯大学，信息与电信系，22100希腊的黎波里。
^三希腊沃洛斯382 21，塞萨利大学电气与计算机工程系，DIANA-Lab。
⁴“雅典娜”研究与创新中心，11524雅典，希腊。
⁵希腊雅典11524“雅典娜”研究与创新中心ivlachos@lessr.eu。
⁶塞萨利大学电气与计算机工程系DIANA-Lab，382 21 Volos，希腊“雅典娜”研究与创新中心，希腊雅典11524ivlachos@lessr.eu。

PMID： 25977294
预防性维修识别码：项目经理4489228
内政部： 10.1093/nar/gkv403

DIANA-miRPath v3.0：在实验支持下破译microRNA功能

Ioannis S Vlachos公司等。核酸研究. 2015.

.2015年7月1日；43（W1）：W460-6。

doi:10.1093/nar/gkv403。 Epub 2015年5月14日。

作者

约阿尼斯·S·弗拉乔斯¹, Konstantinos Zagganas公司², 玛丽亚·D·帕拉斯克沃普卢^三, 乔治奥·乔治亚基拉斯^三, 迪米特拉·卡拉古尼^三, Vergoulis沙那氏菌⁴, 西奥多·达拉马加⁵, 阿尔特米斯·G·哈齐格奥尔古⁶

附属公司

¹DIANA-Lab，塞萨利大学电气与计算机工程系，382 21 Volos，希腊实验外科和外科研究实验室‘N.S.Christeas’，雅典大学医学院，希腊雅典11527ivlachos@lessr.eu。
²“雅典娜”研究与创新中心，11524雅典，希腊佩罗蓬尼索斯大学，信息与电信系，22100希腊的黎波里。
^三希腊沃洛斯382 21，塞萨利大学电气与计算机工程系，DIANA-Lab。
⁴希腊雅典11524“雅典娜”研究与创新中心。
⁵希腊雅典11524“雅典娜”研究与创新中心ivlachos@lessr.eu。
⁶塞萨利大学电气与计算机工程系DIANA-Lab，382 21 Volos，希腊“雅典娜”研究与创新中心，希腊雅典11524ivlachos@lessr.eu。

PMID： 25977294
预防性维修识别码：项目经理4489228
内政部： 10.1093/nar/gkv403

摘要

miRNAs的功能表征仍然是一个公开的挑战。这里，我们介绍DIANA-miRPath v3.0(http://www.microrna.gr/miRPathv3)专门用于评估miRNA调节作用和识别受控通路的在线软件套件。新的miRPath web服务器可以使用标准（超几何分布）、无偏经验分布和/或元分析统计数据对一个或多个miRNAs进行功能注释。DIANA-miRPath v3.0数据库和功能已得到显著扩展，以支持KEGG分子通路的所有分析，以及七种物种（智人、小家鼠、褐家鼠、果蝇、秀丽隐杆线虫、五倍子和斑马鱼）的基因本体（GO）的多个切片。重要的是，来自DIANA-TarBase v7.0的60多万个实验支持的miRNA靶点已被纳入新模式。DIANA miRPath v3.0的用户可以利用这一丰富的信息，将DIANA microT CDS和/或TargetScan v6.2中可用的计算机预测靶点与高质量的实验支持的相互作用替换或组合。DIANA-miRPath v3.0的一个独特功能是其重新设计的反向搜索模块，使用户能够根据电子或实验数据识别和可视化显著控制选定路径或属于特定GO类别的miRNAs。DIANA-miRPath v3.0可免费提供给所有用户，无需任何登录要求。

©作者2015。由牛津大学出版社代表核酸研究出版。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
DIANA-miRPath v3.0主用户界面。用户可以使用KEGG或基因本体注释实时执行miRNA功能分析[1]。基本选项[2]可用于选择分析中包含的物种或注释子集。用户可以将交互和统计限制在表达基因子集，该表达基因子集可以使用可选的表达基因过滤菜单上传[3]。每个miRNA和相互作用数据集可以单独输入，也可以使用设置文件[4]输入。在选择miRNA后，有关已确定的相互作用和靶基因的进一步信息显示在miRNA矩阵中[6]。DIANA-miRPath v3.0用户随后可以选择结果合并算法[7]、高级统计选项[8]、预测阈值和p值[9]，以及主统计引擎[10]。高级可视化选项如下[11]所示。结果窗格[12]显示了有关靶向路径/富集GO类别、p值以及每个术语中miRNAs和基因数量的信息[13]。所有链接都处于活动状态，可提供更多信息[14]。详细信息窗格[15]提供了每个miRNA、单个靶点和p值的信息[16]。始终可以从主用户界面直接访问反向搜索模块[5]。

**图2。**
直接从DIANA-miRPath v3.0界面创建的miRNA与GOSlim类别热图。热图描述了不同let-7家族成员在GO类别中的富集水平智人热图能够识别miRNA亚类或GO术语，这些术语表征相似的miRNA，因为它们聚集在一起。

**图3。**
新的反向搜索模块。从新界面中，用户可以选择感兴趣的路径/GO类别[1]和交互数据库[2]。反向搜索模块显示miRNAs[4]，富集*P（P）*-值[5]和靶基因[6]。miRNAs和基因的链接和图标是活跃的，可以提供更多信息和元数据。路径可视化链接[7]会生成一张KEGG路径图，描绘所选路径以及带有特殊颜色标记的miRNA靶点。

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[4] Vlachos I.S.，Hatzigeorgiou A.G.miRNA分析在线资源。临床。生物化学。2013;46:879–900.-公共医学

[5] Paraskevopoulou M.D.、Georgakilas G.、Kostoulas N.、Vlachos I.S.、Vergoulis T.、Reczko M.、Filippidis C.、Dalamagas T.、Hatzigeorgiou A.G.DIANA-microT web服务器v5.0：服务集成到miRNA功能分析工作流中。2013年《核酸研究》；41:W169–W173。-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Paraskevopoulou M.D.、Georgakilas G.、Kostoulas N.、Vlachos I.S.、Vergoulis T.、Reczko M.、Filippidis C.、Dalamagas T.、Hatzigeorgiou A.G.DIANA-microT web服务器v5.0：服务集成到miRNA功能分析工作流中。2013年《核酸研究》；41:W169–W173。-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Thomson D.W.、Bracken C.P.、Goodall G.J.微RNA靶点识别的实验策略。核酸研究2011；39:6845–6853.-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Thomson D.W.、Bracken C.P.、Goodall G.J.微RNA靶点识别的实验策略。核酸研究2011；39:6845–6853.-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Olive V.，Jiang I.，He L.mir-17-92，癌症网络中的miRNAs簇。国际生物化学杂志。细胞生物学。2010;42:1348–1354.-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Olive V.，Jiang I.，He L.mir-17-92，癌症网络中的miRNAs簇。国际生物化学杂志。细胞生物学。2010;42:1348–1354.-项目管理咨询公司-公共医学

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