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.2015年10月;22(10):918-29.
doi:10.1089/cmb.2015.015。 Epub 2015年5月14日。

棒材树种的凝聚历史

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棒材树种的凝聚历史

菲利波失望等。 计算机生物学杂志. 2015年10月.

摘要

结合历史是一种组合结构,它描述了给定基因树和物种树的可能分支列表,基因树在这些分支上结合。基因树和物种树合并历史数的性质影响数学系统发育学中的各种概率计算。然而,对合并历史数量的精确和渐近评估仅在有限的情况下已知。这里我们介绍了一个特殊的种树科,即lodgepole种树(λn)n≥0,其中树λn具有m=2n+1个分类群。我们确定了lodgepole物种树的合并历史的数量,在基因树与物种树匹配的情况下,表明这个数字随着m而增长!!这一计算证明了树科的存在,其中合并历史数量的增长速度快于指数增长。此外,它大大改进了具有m个分类群的树的最大匹配合并历史与最小匹配合并历史之比的下限,增加了[Formula:see text]到[Formula:see text]。我们讨论了枚举结果对系统发育计算的影响。

关键词:聚结;谱系学;系统发育。

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