xiNET: cross-link network maps with residue resolution

doi:10.1074/mcp.O114.042259

.2015年4月；14(4):1137-47.

doi:10.1074/mcp。O114.042259号。 Epub 2015年2月3日。

xiNET：具有残留物分辨率的交联网络图

科林·W·库姆¹, 卢兹·菲舍尔¹, 尤里·拉普西尔伯²

附属公司

¹来自英国爱丁堡大学生物科学学院韦尔康细胞生物学信托中心EH9 3BF；
²来自英国爱丁堡大学生物科学学院Wellcome细胞生物学信托中心，爱丁堡EH9 3BF；德国柏林工业大学生物技术研究所生物分析系，13355juri.rappsilber@ed.ac.uk。

PMID： 25648531
PMCID公司： PMC4390258型
内政部： 10.1074/mcp。O114.042259号

xiNET：具有残留物分辨率的交联网络图

科林·W·库姆等。分子细胞蛋白质组学. 2015年4月.

.2015年4月；14(4):1137-47.

doi:10.1074/mcp。O114.042259号。 Epub 2015年2月3日。

作者

科林·库姆¹, 卢兹·菲舍尔¹, 尤里·拉普西尔伯²

附属公司

¹来自英国爱丁堡大学生物科学学院Wellcome细胞生物学信托中心，爱丁堡EH9 3BF；
²来自英国爱丁堡大学生物科学学院Wellcome细胞生物学信托中心，爱丁堡EH9 3BF；德国柏林工业大学生物技术研究所生物分析系，13355juri.rapsilber@ed.ac.uk。

PMID： 25648531
PMCID公司： PMC4390258型
内政部： 10.1074/mcp。O114.042259号

摘要

xiNET是用于探索交联/质谱结果的可视化工具。它生成的交联网络的交互式映射是一种节点链接图。在这些图谱中，xiNET显示：（1）残基解析位置信息，包括连接位点和连接肽；（2）各类交联反应产物；（3）模糊结果；以及，（4）额外的序列信息，例如域。xiNET在浏览器中运行，并导出矢量图形，这些图形可以在通用绘图包中编辑，以创建出版物质量的图形。

可利用性：xiNET是开源的，根据Apache版本2许可证发布。可以通过将数据上传到来查看结果http://crosslinkviewer.org/或从下载软件http://github.com/colin-combe/crosslink-viewer并在本地运行。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
**相同CLMS数据的六个不同节点链路图。**数据来自*Chen等人。*(1),A类，是该论文的摘录，旨在展示CLMS证据如何支持Tfg1和Tfg2之间的二聚化结构域的定位。*B–F，*显示使用D3（20）生成的可选节点连接图（仅蛋白质间连接）。B类，显示了节点链接图在生物学中的典型用法，其中节点表示整个分子（线宽用于表示链接的数量）。C类，使用不同的节点表示链接的残基，这是RIN工具（如RINalyzer）的典型特征（12）。在缺乏其他信息指导布局的情况下，C类，使用力导向布局。D类，试图通过将节点排列在圆形周围来给布局带来一些秩序。E类，同样使用圆形布局，但这一次节点在周长上的位置是由链接残基在蛋白质序列中的位置决定的。F类，显示数据的HivePlot（16），其中类别（轴）代表三种蛋白质中的每一种，轴上的距离由序列中的残基位置决定。A类,E类和F类成功地将单个交叉链接与域级功能联系起来：B类,C类、和D类不要。为了实现这种关联，有必要使用连接残基在整个蛋白质序列中的位置来指导节点的位置。

**图2。**
**xiNET工作流概述。**三个数据集构成xiNET映射的输入：交叉链接数据（必需）；蛋白质序列数据（如果使用UniProtKB登录号，则可以省略）；和注释数据（可选，如果UniProtKB登录号用于蛋白质标识符，则会自动下载）。可以通过网络共享交互式地图或将其导出为矢量图形来传播结果，矢量图形可以编辑以用于出版物。

**图3。**
**xiNET图形的默认键。**代表链接的任何一条线都可以用虚线表示，以表明链接对于链接站点是不明确的。请注意，对于自联是分子内还是分子间的，它们可能是模棱两可的。用户/开发人员可以修改默认密钥，使其适应其特定的表示需求。通常，此类修改涉及将线颜色分配给交联的属性，例如量化或置信属性。

**图4。**
**TFIIF二聚化结构域。**这里我们看到xiNET显示了图1中的数据，这次包含了自链接。xiNET使用与各种交叉链接出版物（1、17、18、19）中相同的编号条表示法。数据集中出现了一个同态链接（红色），xiNET强调了这一点——这个链接实际上无助于支持原始论文的结论，它可能是一个错误的识别。可以在以下位置查看交互式图形http://crosslinkviewer.org/figure4.html.

**图5。**
**以xiNET的CLMS-CSV文件格式对交联反应产物类型进行编码。**xiNET显示并区分所有三种交联反应产物类型，它们是：A类，接头修饰的肽；B类，内链肽；和，C类，交联肽。表中显示了上面示例的输入数据。在输入数据中，产品类型由第二个蛋白质和第二个链接位置的信息是否存在表示。xiNET还识别了交联肽的子集，D类同源多聚体连接，其中肽在蛋白质序列中重叠。重叠区域以红色突出显示。表中还包括省略肽序列信息的示例，在这种情况下，LinkPos1和LinkPos2列给出了蛋白质序列中链接位点的绝对位置。为了记录不明确的链接站点，所需列中的值被制成以逗号分隔的备选列表。请注意，肽水平的歧义必须根据产品类型是否为内部连接的肽进行不同的处理，B类或交联肽，C类.

**图6。**
**包含所有三种产品类型的示例。**数据与人类核孔复合体有关，参见Bui等人。（19）和xiNET区分数据中存在的三种不同产品类型。还要注意，圆形节点的大小与蛋白质序列的长度成比例，因此将蛋白质长度加倍将导致圆形面积加倍。可以在以下位置查看交互式图形http://crosslinkviewer.org/figure6.html.

**图7。**
**CLMS结果不明确的示例。**例如，如果已识别的交联肽属于搜索空间中的多个蛋白质，则可能会出现关于链接位点的模糊。xiNET使用虚线表示不明确的链接站点，而鼠标悬停上的突出显示用于显示可能的替代项。示例数据显示微管和人类动粒-斯卡复合体之间的交联（18）。SKA1与Tubulinβ-3链亚型TBB3和TBB2B的110-120范围内的残基之间的联系都不明确；相同的已鉴定肽（以橙色突出显示）出现在两种异构体中。从SKA1到TBB3和TBB2B中约160个残基的链接都是明确的；对于这些连接，所有鉴定的肽都含有残基155，这是TBB3和TBB2B的区别。在交互式图形中（例如http://crosslinkviewer.org/figure7.html)，当鼠标移动到链接上时，连接到特定交联的肽以橙色突出显示，突出显示伴随着一个工具标签，该标签给出蛋白质名称或ID、链接残基数和支持肽谱匹配的数量。

**图8。**
**xiNET在其他序列信息的上下文中显示CLMS数据。**结构域或其他带注释的区域显示为条形图的彩色编码段或代表蛋白质的圆圈的彩色编码部分。扇区的起始角和结束角对应于域的起始和结束残差（残差1位于12点钟）。数据是来自的数据的子集*Herzog等人。*(2). 包含整个数据集的实时示例可以在http://crosslinkviewer.org/figure8.html.

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参考文献

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