Community-driven development for computational biology at Sprints, Hackathons and Codefests

doi:10.1186/1471-2105-15-S14-S7

.2014;15补充14（补充14）：S7。

doi:10.1186/1471-2105-15-S14-S7。 Epub 2014年11月27日。

Sprints、Hackathons和Codefests的计算生物学社区驱动开发

PMID： 25472764
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内政部： 10.1186/1471-2105-15-S14-S7

Sprints、Hackathons和Codefests的计算生物学社区驱动开发

斯特芬·莫勒等。 BMC生物信息学. 2014.

.2014;15补充14（补充14）：S7。

doi:10.1186/1471-2105-15-S14-S7。 Epub 2014年11月27日。

PMID： 25472764
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内政部： 10.1186/1471-2105-15-S14-S7

摘要

背景：计算生物学包含广泛的技术和方法。如果贡献数据或提供解释工具的个人能够找到相互理解和共识，那么可以将多种技术结合起来，创建更强大的工作流。为了确定和实施最佳方法，需要进行大量对话和联合调查。传统上，科学会议以展示新技术或见解的讲座为特色，随后在咖啡休息时间进行非正式讨论。在多机构合作中，为了就实施细节达成一致，或者为了在技术和实践技能方面传递更深入的见解，一个团队的代表通常会访问另一个团队。然而，当技术或研究小组数量众多时，这种情况就不太可能得到很好的推广。针对这一问题，会议推出了羽毛鸟（BoF）会议，为具有共同兴趣的个人提供了加强互动的机会。然而，平行的BoF会议通常会使参与者很难加入多个BoF并在不同技术之间找到共同点，而且BoF通常太短，无法让参与者一起编程。

结果：本报告总结了我们在计算生物学Codefests、黑客马拉松和Sprints方面的经验，这些都是交互式开发人员会议。它们的结构旨在通过加强同行之间的互动，并让参与者决定日程和主题，来减少上述传统科学会议的局限性。这些会议通常在至少两天内以松散安排的“不一致意见”（自组织确定与会者和会议主题）的形式进行，提前进行介绍性会谈，欢迎和组织贡献者，然后是密集的协作编码会议。我们总结了这些会议的一些突出成就，并描述了这些会议在组织方式、受众定位以及与各自社区的联系方面的差异。

结论：黑客马拉松、Codefests和Sprints共享一个激励人心的氛围，鼓励参与者在自我驱动的积极环境中共同集思广益，解决共同感兴趣的问题，并为新参与者参与合作项目提供机会。

PubMed免责声明

数字

图1
**学术交流形式**.科学家最常见的会面机会是由他们对创新和发展的驱动力（Y轴）和持续时间（X轴）分开的，前者是作者之间的主观共识。Sprint、Codefests和Hackathons主要关注联合新开发、新科学问题专业知识的转让、基础设施的分配以及贡献者之间的信任网络。较长的课程，如《代码之夏》（Summer of Code），长期以来结合了多种类型的互动，不同的是，参与者可能被分配不同的特定角色，比如作为导师和学习者.

图2
**每个人上传到Debian Med的次数**.图来自http://blends.debian.net/liststats/*指示具有上传权限的团队成员的活动。人们清楚地看到，自2011年初第一次Sprint以来，其广度有所增加。*.

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