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.2015年1月15日;31(2):259-61.
doi:10.1093/bioinformatics/btu621。 Epub 2014年9月25日。

EasyStrata:分层全基因组关联荟萃分析数据的评估和可视化

附属公司

EasyStrata:分层全基因组关联荟萃分析数据的评估和可视化

托马斯·温克勒等。 生物信息学. .

摘要

R包EasyStrata促进了分层全基因组关联荟萃分析(GWAMA)结果的评估和可视化。它提供了(i)用于测试和解释层间差异的统计方法,作为处理基因-层间相互作用效应的手段,以及(ii)为分层GWAMA结果定制的扩展图形特征。该软件还提供了适用于一般GWAMA的其他功能,包括注释、排除或突出显示绘图中的特定基因座,或从全基因组数据集提取基因座的独立子集。它是免费的,包括一个用户友好的脚本界面,简化了数据处理,并允许以灵活的方式组合统计和图形功能。

可利用性:EasyStrata可从我们的网站www.genepi-regensburg.de/EasyStrata和CRAN R包存储库CRAN.R-project.org/Web/packages/EasyStrata/免费获得(根据GNU通用公共许可证v3)。

补充信息:补充数据可在生物信息学网站上获得。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
Miami-Plot展示了公开的女性和男性特定协会P(P)-根据BMI(Randall)调整的腰臀比值等。, 2013). 已知的主要效应位点以绿色突出显示(林格伦等。2009年)或橙色(Heid等。, 2010). 根据基因座着色,可以在3号染色体上看到两个新的(女性特有的)基因座

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