A protocol for RNA methylation differential analysis with MeRIP-Seq data and exomePeak R/Bioconductor package

doi:10.1016/j.ymeth.2014.06.008

.2014年10月1日；69(3):274-81.

doi:10.1016/j.meth.2014.06.008。 Epub 2014年6月27日。

利用MeRIP-Seq数据和exomePeak R/Bioconductor包进行RNA甲基化差异分析的协议

贾蒙¹, 吕志良², 刘慧（音）^三, 林章（Lin Zhang）^三, 张绍武⁴, 陈一东⁵, 曼吉特·拉奥⁶, 黄玉飞⁷

附属公司

¹西安交通大学生物科学系，苏州215123。电子地址：jia.meng@xjtlu.edu.cn。
²西安交通大学生物科学系，苏州215123。
^三中国矿业大学信息与电气工程学院，徐州221116。
⁴西北工业大学自动化学院，西安710072。
⁵美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学健康科学中心细胞结构生物学系，德克萨斯州78229；美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学健康科学中心格里希儿童癌症研究所，邮编78229。
⁶美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学健康科学中心格里希儿童癌症研究所，邮编78229；美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学卫生科学中心流行病学和生物统计系，邮编78229。
⁷德克萨斯大学圣安东尼奥分校电气与计算机工程系，德克萨斯州78249，美国；美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学健康科学中心细胞结构生物学系，邮编78229。电子地址：yufei.huang@utsa.edu。

PMID： 24979058
预防性维修识别码：项目经理4194139
内政部： 2016年10月10日/j.ymeth.2014.06.008

利用MeRIP-Seq数据和exomePeak R/Bioconductor包进行RNA甲基化差异分析的协议

贾蒙等。方法. 2014.

.2014年10月1日；69(3):274-81.

doi:10.1016/j.meth.2014.06.008。 Epub 2014年6月27日。

作者

贾蒙¹, 吕志良², 刘慧（音）^三, 林章（Lin Zhang）^三, 张绍武⁴, 陈一东⁵, 曼吉特·拉奥⁶, 黄玉飞⁷

附属公司

¹西安交通大学生物科学系，苏州215123。电子地址：jia.meng@xjtlu.edu.cn。
²西安交通大学生物科学系，苏州215123。
^三中国矿业大学信息与电气工程学院，徐州221116。
⁴西北工业大学自动化学院，西安710072。
⁵美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学健康科学中心细胞结构生物学系，德克萨斯州78229；美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学健康科学中心格里希儿童癌症研究所，邮编78229。
⁶美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学健康科学中心格里希儿童癌症研究所，邮编78229；美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学卫生科学中心流行病学和生物统计系，邮编78229。
⁷德克萨斯大学圣安东尼奥分校电气与计算机工程系，德克萨斯州78249，美国；美国德克萨斯州圣安东尼奥市德克萨斯大学健康科学中心细胞结构生物学系，邮编78229。电子地址：yufei.huang@utsa.edu。

PMID： 24979058
预防性维修识别码：项目经理4194139
内政部： 10.1016/j.meth.2014.06.008

摘要

尽管对组蛋白修饰和DNA甲基化等DNA/染色质相关表观遗传学进行了广泛研究，但RNA表观遗传学尚未引起应有的关注，直到开发出一种新的基于亲和力的测序方法MeRIP-Seq并应用于调查哺乳动物细胞中的全局mRNA N6-甲基腺苷（m（6）a）。作为ChIP-Seq和RNA-Seq的联姻，MeRIP-Seq有潜力研究各种转录后RNA修饰的转录体分布。我们之前开发了一个R/Bioconductor软件包“exomePeak”，用于在特定实验条件下检测RNA甲基化位点，或在MeRIP-Seq数据的病例对照研究中识别差异RNA甲基化部位。与其他研究相对较好的数据类型（如ChIP-Seq和RNA-Seq）相比，对MeRIP-Seq数据的研究仍处于非常早期的阶段，现有协议没有针对MeRIP-Seq数据的固有特性进行优化。我们在这里提供了一个详细且易于使用的方案，使用exomePeak R/Bioconductor包以及其他软件程序来分析MeRIP Seq数据，其中包括原始读数比对、RNA甲基化位点检测、基序发现、差异RNA甲基化分析和功能分析。特别是，简要讨论了每个处理步骤背后的原理以及使用的具体方法、最佳实践和可能的替代策略。exomePeak R/Bioconductor套装可从Bioconductor免费获得：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/exomePeak.html。

关键词：差异RNA甲基化；MeRIP-Seq公司；N6-甲基腺苷（m6A）；RNA甲基化；exomePeak公司。

PubMed免责声明

数字

图2
DNA和RNA差异甲基化的比较在DNA相关分析中，在两种实验条件下背景被认为是相同的，甲基化的绝对值与甲基化分子的百分比线性相关；然而，在RNA中，由于差异表达_是在一种条件下，特定RNA的拷贝数更多，因此甲基化绝对量的增加可能并不意味着RNA酶促超甲基化更强。虽然当指定测试区域时，ChIP-Seq和MeDIP-Seq的差异分析不直接需要输入控制样本，但差异RNA甲基化分析确实需要输入控制样品来估计RNA分子的总数。

**图3。RNA甲基体的调控**
实际上，上转录组的动态是转录和酶调节共同作用的结果。一方面，转录调控直接改变RNA分子的数量，并导致甲基化分子绝对数量的协调变化，使相对数量保持不变。另一方面，通过“甲基化电位”对RNA甲基组的酶调节直接改变甲基化分子的百分比。如上图所示，在转录下调和酶促超甲基化的共同作用下，甲基化RNA的绝对量保持不变。

**图4。IGV浏览器中显示的差异甲基化位点**
与INPUT样本相比，在FTO敲除条件下，Hps1略微下调；当比较IP样本时，甲基化RNA片段的绝对数量实际上增加了。图中显示了RNA m⁶FTO敲除后Hps1 3'UTR上的一个超甲基化位点。

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