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.2014年7月;11(7):703-4.
doi:10.1038/nmeth.3002。

CPTAC分析门户:靶向蛋白质组分析库

合作者,附属机构

CPTAC分析门户:靶向蛋白质组分析库

杰弗里·怀特克等。 Nat方法. 2014年7月.
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图1
图1
CPTAC分析门户网站概述。()CPTAC分析门户允许查询特征明确、目标明确的基于MS的分析数据库。生物信息注释从外部来源提取,以实现生物相关查询,以及肽分析物与序列域、异构体、编码多态性和翻译后修饰的映射。外部网站的贡献在门户上注明。分析数据库与Panorama相连,Panorama是一个开源平台,允许以供应商中性格式高效收集和共享蛋白质组学数据(例如,目前支持来自六家供应商的数据:AB SCIEX、Agilent、Bruker、Shimadzu、Thermo和Waters),便于上传和查看分析表征数据,并下载用于实施分析的Skyline文档。(b条)CPTAC表征是一组实验,旨在帮助用户评估分析性能。有五个推荐的实验。每次分析都需要实验1和实验2;实验3-5是可选的。实验1是一条响应曲线(添加到代表性背景矩阵中的肽的稀释曲线),旨在评估复杂混合物中分析物肽的液相色谱-MRM-MS批内精密度以及定量的上限和下限,并提供选择性数据(通过检测曲线数据中的干扰)。实验2(重复性评估,在低、中(中)和高三个浓度下添加三个重复的肽)确定了在5天内多个浓度下测量的重复性。实验3通过评估相关基质的多个生物复制品中的平行性(衡量基质成分对复杂混合物中肽定量的影响)来测试选择性。实验4评估样品制备后肽的稳定性,并帮助下游用户确定肽是否可以在自动取样器上保留一段时间或在分析前冻结。实验5旨在证明内源性肽可以在相关基质中定量4,年5,年6和Sum表示每个图中绘制的过渡离子。

类似文章

引用人

工具书类

    1. Addona TA等人,《自然生物技术》。2009;27:633–641.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Cox HD等,临床。化学。2014;60:541–548.-公共医学
    1. Kennedy JJ等人,《自然方法》。2014;11:149–155.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Carr SA等人,分子细胞。蛋白质组学。2014;13:907–917。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Picotti P等人,《自然方法》。2008;5:913–914.-项目管理咨询公司-公共医学

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