SAINTexpress: improvements and additional features in Significance Analysis of INTeractome software

doi:10.1016/j.jprot.2013.10.023

。2014年4月4日4:100:37-43。

doi:10.1016/j.jprot.2013.10.023。 Epub 2013年10月26日。

SAINTexpress：INTeractome软件重要性分析的改进和附加功能

郭慈涛¹, 刘国民², 张建平², 阿列克谢一世（Alexey I Nesvizhskii）^三, 安妮·克劳德银杏⁴, Hyungwon Choi先生⁵

附属公司

¹新加坡国立大学统计与应用概率系。
²加拿大安大略省多伦多市西奈山医院Lunenfeld-Tanenbaum研究所。
^三密歇根大学病理学、计算医学和生物信息学系，美国密歇根州安娜堡。
⁴加拿大西奈山医院Lunenfeld Tanenbaum研究所系统生物学中心，ON M5G 1X5；加拿大多伦多大学分子遗传学系，ON M5S 1A8。
⁵新加坡国立大学Saw Swee Hock公共卫生学院和新加坡国立大学卫生系统。电子地址：hyung_won_choi@nuhs.edu.sg。

PMID： 24513533
预防性维修识别码： PMC4102138
内政部： 2016年10月10日/j.jprot.2013.10.023

SAINTexpress：INTeractome软件重要性分析的改进和附加功能

郭慈涛等。蛋白质组学杂志。 2014。

。2014年4月4日4:100:37-43。

doi:10.1016/j.jprot.2013.10.023。 Epub 2013年10月26日。

作者

郭慈涛¹, 刘国民², 张建平², 阿列克谢一世（Alexey I Nesvizhskii）^三, 安妮·克劳德银杏⁴, Hyungwon Choi先生⁵

附属公司

¹新加坡国立大学统计与应用概率系。
²加拿大安大略省多伦多市西奈山医院Lunenfeld-Tanenbaum研究所。
^三密歇根大学病理学、计算医学和生物信息学系，美国密歇根州安娜堡。
⁴加拿大ON M5G 1X5西奈山医院Lunenfeld-Tanenbaum研究所系统生物学中心；加拿大多伦多大学分子遗传学系，ON M5S 1A8。
⁵新加坡国立大学Saw Swee Hock公共卫生学院和新加坡国立大学卫生系统。电子地址：hyung_won_choi@nuhs.edu.sg。

PMID： 24513533
预防性维修识别码： PMC4102138型
内政部： 2016年10月10日/j.jprot.2013.10.023

摘要

内切酶显著性分析（SAINT）是一种统计方法，用于从亲和纯化质谱（AP-MS）实验中对蛋白质相互作用数据进行概率评分。该软件的实用性已在许多蛋白质相互作用映射研究中得到证明，但广泛的测试也揭示了一些实际缺陷。在本文中，我们提出了一种新的实现SAINTexpress，它具有更简单的统计模型和更快的评分算法，从而显著提高了评分的计算速度和灵敏度。SAINTexpress还结合了外部相互作用数据来计算基于拓扑的补充分数，以提高以概率客观的方式识别共纯化蛋白质复合物的可能性。总体而言，这些变化有望改善SAINT在各种类型的高质量数据集中的性能和用户体验。

生物学意义：我们提出了SAINTexpress，这是一个升级的INTeractome显著性分析（SAINT）实现，用于从亲和纯化质谱（AP-MS）实验中筛选高置信交互作用数据。SAINTexpress的特点是计算速度更快，并将外部数据源纳入评分，从而提高SAINT在各种类型数据集上的性能和用户体验。这篇文章是特刊的一部分，题为：蛋白质组学能填补基因组学和表型之间的空白吗？

关键词：亲和纯化；概率评分；蛋白质-蛋白质相互作用。

PubMed免责声明

数字

图1
SAINT与*圣特快*。左侧面板显示了两种方法计算的平均P分数。右侧面板显示了通过这两种方法恢复iRefIndex数据库中的已知交互。

图2
TopoAvgP与年平均值*圣特快*TopoAvgP得分分别使用iRefIndex数据库和小GO生物过程术语（大小<20）计算。

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