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.2013年10月；45(10):1134-40.
doi:10.1038/ng.2760。

体拷贝数改变的泛癌模式

特拉维斯一世·扎克 1, 斯蒂芬·舒马赫, 斯科特·L·卡特, 安德烈·德·切尔尼亚克, 戈登·萨克塞纳, 芭芭拉·塔巴克, 迈克尔·劳伦斯, 程志忠Zhsng, 耶利米亚·瓦拉, 克雷格·H·梅梅尔, 卡莉·索格内兹, 斯泰西·B·加布里埃尔, 布莱恩·埃尔南德斯, 慧申, 彼得·莱尔德, 加德·盖兹, 马修·梅尔森, 拉明·贝鲁金
附属公司

体拷贝数改变的泛癌模式

特拉维斯一世·扎克等。 自然基因. 2013年10月.

摘要

确定体细胞拷贝数改变（SCNA）如何促进癌症是一个重要目标。我们从癌症基因组图谱泛癌症数据集中对4934种癌症的SCNA模式进行了表征。在37%的癌症中观察到全基因组加倍与其他类型SCNA、TP53突变、CCNE1扩增和PPP2R复合物改变的较高发生率相关。染色体内部的SCNA往往比端粒结合的SCNA短，这表明它们产生的机制不同。在140个区域观察到显著复发的局灶性SCNA，包括102个未知癌基因或抑癌基因靶点，50个基因显著突变。没有已知致癌基因的扩增区域富集了参与表观遗传调控的基因。当考虑到基因组断裂的水平时，7%的区域对是反相关的，并且这些区域往往包含其蛋白质物理上相互作用的基因，表明其具有相关功能。这些结果为癌症相关SCNA的生成机制和功能后果提供了见解。

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数字

图1
图1。SCNA在谱系中的分布
(一)跨谱系的样本纯度（顶部面板）和倍性（底部面板）（谱系缩写列表见补充表1）。近二倍体样品用紫色表示；经历过一次或多次WGD事件的癌症分别以绿色和红色表示。右侧显示了所有谱系的汇总数据。(b条)跨谱系的臂级（顶部）和焦点（底部）放大（左侧）和删除（右侧）的数量。对于每个谱系，近二倍体和WGD样本分别用左右两侧的横线表示；WGD样本中的事件根据其相对于WGD的时间来解决。
图2
图2。不同类型SCNA的特征
(一)起源于端粒（黑线）的SCNA与染色体内部的SCNA相比的长度分布。(b条)不同谱系中的色毛滴虫发生率。(c（c）)染色体上的显色菌比率。涉及扩增和缺失峰值区域的染色体畸变事件（见下文）用蓝色表示（深蓝色：扩增>4.4拷贝或缺失<−1；浅蓝色：涉及较小变化的低水平事件）；不涉及峰值区域的事件以灰色表示。
图3
图3。显著复发的局灶性SCNA
(一)SCNA所有84个有效峰区的扩增频率减去缺失频率（红色和蓝色分别表示扩增和缺失的倾向）跨越谱系（x轴；谱系缩写列表见补充表1），按显著性顺序排列（y轴）。谱系的排序反映了这些数据的无监督层次聚类的结果。右边分别显示了十个最显著的放大和删除峰值的放大视图，以及这些区域的候选目标。方法中描述了选择指定候选人的标准。(b条)根据GRAIL对没有已知癌症基因或大基因的（顶部）所有峰值区域和（底部）峰值区域的分析，文献中含有少于25个基因的峰值区域的相关术语。(c（c）)跨癌症类型（根据面板a中的方案，由顶部和底部的彩色方框指定）和泛癌分析（右后一栏，用黑线表示）的第四和第八染色体（其他染色体显示在补充图3中）内峰值区域的位置图示。峰值由每个区域的候选目标指定，根据方法中描述的标准选择。
图4
图4。SCNA之间的相关性
(一)问题的说明，显示了4934例癌症（x轴）的拷贝数分布的热图，按增加基因组破坏的顺序排列。(b条)使用标准分析技术（顶部）并在控制基因组断裂的变化（底部）后，显示出显著正相关（左）、负相关（右）或两者都不相关（中）的区域对的分数。(c（c）)在观察数据（红线）、标准技术产生的排列（蓝线）和保持基因组破坏水平的排列（黑色虚线）中，面板（a）中显示的样本中与局部SCNA相关的基因组分数。(d日)高水平SCNA的遗传相互作用组图。如果局部高水平SCNA（扩增至>4.4拷贝，缺失至<1拷贝）显著反相关，则节点代表少于25个基因的峰值区域，并通过边缘连接。(e（电子）)在观察到的遗传相互作用组网络（红色箭头）和置换网络（蓝色条）中，重叠已知蛋白质相互作用的显著反相关数。这些结果来自对所有SCNA的分析；高级分析的结果显示在补充图4d中。(（f）)全SCNA分析中观察到的遗传交互组网络（红点）和置换网络（方框图）的连接值分布（每个节点连接的节点数）。
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中的注释

  • 通往癌症的四车道公路。
    Galluzzi L、Kroemer G。 Galluzzi L等人。 Nat Rev Mol细胞生物学。2016年7月；17(7):398. doi:10.1038/nrm.2016.73。Epub 2016年5月25日。 Nat Rev Mol细胞生物学。2016 PMID：27220642 没有可用的摘要。

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