Analysis of long non-coding RNA expression profiles in gastric cancer

doi:10.3748/wjg.v19.i23.3658

.2013年6月21日；19(23):3658-64.

doi:10.3748/wjg.v19.i23.3658。

胃癌中长非编码RNA表达谱分析

曹伟军¹, 吴海露, 棒顺河, 张玉树, 张振宇

附属公司

PMID： 23801869
预防性维修识别码： PMC3691033型
内政部： 10.3748/wjg.v19.i23.3658

胃癌中长非编码RNA表达谱的分析

曹伟军等。世界胃肠病杂志. 2013.

.2013年6月21日；19(23):3658-64.

doi:10.3748/wjg.v19.i23.3658。

作者

曹伟军¹, 吴海露, 棒顺河, 张玉树, 张振宇

附属

¹南京医科大学南京第一医院消化科，南京210006，中国江苏省南京市。

PMID： 23801869
预防性维修识别码： PMC3691033型
内政部： 10.3748/wjg.v19.i23.3658

摘要

目标：探讨长非编码RNA（lncRNAs）在胃癌中的表达模式。

方法：从基因表达总览（GEO）下载了两个公开的胃癌人类外显子阵列和相应正常组织的数据。我们重新注释了人类外显子阵列的探针，并保留了在基因水平上唯一定位到lncRNA的探针。在affymetrix电动工具中使用稳健的多阵列平均方法生成LncRNA表达谱。然后使用生物导体包线性模型对归一化数据进行微阵列数据分析，并将调整后P值低于0.01的基因视为差异表达。使用独立数据集验证结果。

结果：通过建立计算管道以重新命名Affymetrix Human Exon 1.0 ST阵列的650多万个探针，我们确定了136053个探针在基因水平上唯一地映射到lncRNAs。这些探针对应9294个lncRNA，覆盖了近76%的GENCODE lncRNA数据集。通过分析80对胃癌和正常邻近组织样本组成的GSE27342，我们鉴定出88个在胃癌中差异表达的lncRNA，其中一些已被报道在癌症中起作用，如LINC00152、牛磺酸上调1、尿路上皮癌相关1、Pvt1癌基因、，小核仁RNA宿主基因1和LINC00261。在验证数据集GSE33335中，59%的差异表达lncRNAs表现出相同方向的显著表达变化（调整后的P值<0.01）。

结论：我们发现了一组在胃癌中差异表达的lncRNA，为发现胃癌新的生物标志物和治疗靶点提供了有用的信息。

关键词：数据挖掘；胃癌；长非编码RNA；微阵列分析。

PubMed免责声明

数字

图1
用于重新模拟Affymetrix Human Exon 1.0 ST阵列探针的计算管道。lncRNA：长的非编码RNA。

图2
基于88个差异表达的长非编码RNA的80对样本的聚类热图。每列代表一个样本，每行代表一个长的非编码RNA。基因表达水平如下所示：红色，高表达；绿色，低表情。

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