跳到主页面内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2013年6月；31(6):522-9.
doi:10.1038/nbt.2530。 Epub 2013年4月21日。

人类代谢网络中肿瘤诱导基因表达变化的异质性

胡杰 1, Jason W Locasale公司, 杰森·比拉斯, 哈辛莎·奥沙利文, 基兰·谢汗, 刘易斯·坎特利, 马修·范德·海登, 丹尼斯·维特库普
附属公司

人类代谢网络中肿瘤诱导基因表达变化的异质性

胡杰等。 Nat生物技术. 2013年6月.

摘要

细胞代谢的重新编程是肿瘤转化的一个新兴标志。然而，尚不清楚代谢基因在肿瘤中的表达与正常组织中的表达有何不同，也不知道不同的肿瘤类型是否表现出类似的代谢变化。在这里，我们比较了22种不同类型人类肿瘤中代谢基因的表达模式。总的来说，肿瘤中的代谢基因表达程序与相应正常组织中的类似。尽管在肿瘤中经常观察到一些代谢途径的表达变化（例如核苷酸生物合成和糖酵解的上调），但其他途径（例如氧化磷酸化）的表达变化是非常异质的。我们的分析还表明，一些代谢基因（如异柠檬酸脱氢酶和富马酸水合酶）的表达变化可能会增强或模拟肿瘤复发突变的影响。在个体生化反应水平上，数百种代谢同工酶显示出显著的肿瘤特异性表达变化。这些同工酶是抗癌治疗的潜在靶点。

PubMed免责声明

数字

图1
图1
肿瘤和正常组织之间代谢基因表达的全球差异。颜色表示不同样本之间欧氏（RMSD）表达式距离的分布相同的正常组织（正常n个-正常n个,品红色），相同肿瘤的不同样本（肿瘤n个-肿瘤n个、青色）、肿瘤和相应的正常组织（肿瘤n个-正常n个，蓝色），不同肿瘤（肿瘤n个-肿瘤米，绿色），以及不同的正常组织（正常n个-正常米，红色）。这个图中显示的分布仅用于显示目的。插图总结了成对组织之间的平均距离占两个组织之间平均距离的百分比不同的正常组织。
图2
图2
肿瘤中个体代谢途径的表达。在KEGG数据库（见补充表5路径编号）显示在(n个¯+米¯，水平轴）和(n个¯−米¯，垂直轴），其中n个¯是路径所在的肿瘤样本的平均分数显著上调，以及米¯是路径显著的平均分数下调。平均值n个¯和米¯计算了所有22个肿瘤。向上（向下）调节采用Wilcoxon符号秩检验确定显著性（FDR校正的P值<0.05，参见补充图4bFDR=0.2的分析）。使用不同的颜色高亮显示几个路径。虚线划定区域n个¯−米¯小于20%n个¯+米¯和仅用于可视化目的。代谢途径没有明显表达变化的主要聚集在图的左侧。路径通常显著上调（高n个¯值）占据右上角的位置，而路径主要是下调（高米¯值）占据右下角的位置。高度异质性通路显示，在不同的肿瘤中，显著的上调和下调都是在垂直轴上靠近零的右侧聚集。
图3
图3
肿瘤诱导的mRNA表达在中枢代谢的个体生化反应中发生变化。(一)每个代谢反应都标有肿瘤的数量（在22个考虑中在我们的分析中），其中至少有一种同工酶催化相应的反应显著上调（FDR-校正P值<0.05）（红色）和下调（蓝色）。(b条)显著上调（红色三角形）或下调的反应（蓝色三角形）当所有同工酶和相应蛋白质复合物的成员综合考虑所有肿瘤（深红色或深蓝色，FDR校正的P值<0.05；淡红色或淡蓝色，FDR校正的P值<0.1）。如果未标记，则无统计学意义mRNA表达显著改变。
图4
图4
癌诱导的相对同工酶表达的变化。(一)库尔巴克雷伯乐（KL）散度用于表征同工酶相对表达的差异具有多种同工酶的所有生化反应。颜色代表KL的分布同一正常组织不同样本同工酶表达的差异（正常n个-正常n个，蓝色），不同样品相同肿瘤（肿瘤n个-肿瘤n个，红色），肿瘤和相应的正常组织（肿瘤n个-正常n个，绿色）。插入摘要成对组织之间的平均KL差异占平均KL偏差的百分比在相同正常组织的不同样本之间。(b条)的相对表达式肾、肝、胃、脑（GBM）肿瘤和相应正常人醛缩酶同工酶组织。
图5
图5
TCA循环中测量代谢物的浓度变化。代谢物数据，获得来自10名结肠癌患者，包含匹配的正常和肿瘤样本。图中的每个点表示单个患者肿瘤与正常浓度变化的log2比率。P值上面的双箭头（黑色）表示Wilcoxon符号秩检验的变化显著性在连续代谢物之间。代谢物名称下的P值（以颜色表示）表示Wilcoxon签名秩检验匹配正常和肿瘤样本之间变化的显著性。这个插图显示了TCA循环背景下测得的代谢物。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

中的注释

  • 癌症代谢的广度和深度。
    Chun MG，Shaw RJ。 Chun MG等人。 国家生物技术。2013年6月；31(6):505-7. doi:10.1038/nbt.2611。 国家生物技术。2013 PMID：23752435 没有可用的摘要。

类似文章

  • 癌症中的代谢重编程和上皮-间充质转化。
    Sciacovelli M、Frezza C。 Sciacovelli M等人。 FEBS J.2017年10月；284(19):3132-3144. doi:10.1111/febs.14090。Epub 2017年5月21日。 FEBS J.2017年。 PMID：28444969 免费PMC文章。 审查。
  • 癌症中遗传定义的代谢重编程。
    马伦AR，DeBerardinis RJ。 Mullen AR等人。 内分泌代谢趋势。2012年11月；23(11):552-9. doi:10.1016/j.tem.2012.06.009。Epub 2012年7月31日。 内分泌代谢趋势。2012 PMID：22858391 免费PMC文章。 审查。
  • 针对癌症代谢。
    Teicher BA，Linehan WM，Helman LJ。 Teicher BA等人。 《临床癌症研究》，2012年10月15日；18(20):5537-45. doi:10.1158/1078-0432.CCR-12-2587。 2012年临床癌症研究。 PMID：23071355 免费PMC文章。
  • IDH突变对癌症发展和治疗的影响。
    Pirozzi CJ、Yan H。 Pirozzi CJ等人。 Nat Rev临床肿瘤学。2021年10月；18(10):645-661. doi:10.1038/s41571-021-00521-0。Epub 2021年6月15日。 Nat Rev临床肿瘤学。2021 PMID：34131315 审查。
  • 肿瘤发生中的代谢变化。
    杨浩、熊毅、关凯。 Yang H等人。 科学中国生命科学。2013年12月；56(12):1067-75. doi:10.1007/s11427-013-4549-2。Epub 2013年10月10日。 科学中国生命科学。2013 PMID：24114443 审查。
查看所有类似文章

引用人

  • 结合外显子测序和代谢组学建立胃癌分子分型系统。
    于斯、陈明、朱X、陈C、梁杰、王赫、陆杰、丁毅、孔明、滕立、周德良。 Yu S等人。 赫利恩。2024年7月9日；10（15）：e34317。doi:10.1016/j.heliyon.2024.e34317。eCollection 2024年8月15日。 赫利恩。2024 PMID：39170180 免费PMC文章。
  • 肿瘤组织的起源限制了转移瘤的生长和代谢。
    Sivanand S、Gultekin Y、Winter PS、Vermeulen SY、Tchourine KM、Abbott KL、Danai LV、Gourgue F、Do BT、Crowder K、Kunchock T、Lau AN、Darnell AM、Jefferson A、Morita S、Duda DG、Aguirre AJ、Wolpin BM、Henning N、Spanoudaki V、Maiorino L、Irvine DJ、Yilmaz OH、Lewis CA、Vitkup D、Shalek AK、Vander Heiden MG。 Sivanand S等人。 自然元。2024年9月；6(9):1668-1681. doi:10.1038/s42255-024-01105-9。Epub 2024年8月19日。 自然元。2024 PMID：39160333
  • 藏药复方提取物体外代谢组学对ORFV的免疫调节作用。
    范毅、吴杰、黄伟、李S、曾Q、格桑Z、司朗Y、张C、傅G。 Fan Y等人。 BMC Vet Res.2024年8月15日；20(1):366. doi:10.1186/s12917-024-04204-7。 BMC兽医研究2024。 PMID：39143608 免费PMC文章。
  • 伴有肾功能不全的晚期心力衰竭患者的AI混合生存评估。
    张庚，王Z，童Z，秦Z，苏C，李D，徐S，李K，周Z，徐Y，张S，吴R，李T，郑Y，张J，程K，唐J。 Zhang G等。 国家公社。2024年8月8日；15(1):6756. doi:10.1038/s41467-024-50415-9。 国家公社。2024 PMID：39117613 免费PMC文章。
  • LKB1和KEAP1的同时缺失增强了SHMT介导的KRAS突变肺癌的抗氧化防御。
    Lee HM、Muhammad N、Lieu EL、Cai F、Mu J、Ha YS、Cao G、Suchors C、Joves K、Chronis C、Li K、Ducker GS、Olszewski K、Cai L、Allison DB、Bachert SE、Ewing WR、Wong H、Seo H、Kim IY、Faubert B、Kim J、Kim J。 Lee HM等人。 自然元。2024年7月；6(7):1310-1328. doi:10.1038/S4225-024-01066-z。电子出版2024年6月14日。 自然元。2024 PMID：38877143
查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Warburg O，Posener K，Negelein E.关于癌细胞的代谢。生物化学杂志1924；152:309–344.
    1. Hanahan D，Weinberg RA。癌症的标志：下一代。单元格。2011;144:646–674.-公共医学
    1. Vogelstein B，Kinzler KW.癌症基因及其控制的途径。2004年《国家医学》；10:789–799.-公共医学
    1. Vander Heiden MG、Cantley LC、Thompson CB。了解Warburg效应：细胞增殖的代谢需求。科学。2009;324:1029–1033.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Debrardinis RJ、Sayed N、Ditsworth D、Thompson CB。一砖一瓦：新陈代谢和肿瘤细胞生长。2008年通用操作技术开发；18:54–61.-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型