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.2013年6月15日;29(12):1565-7.
doi:10.1093/bioinformatics/btt171。 Epub 2013年4月14日。

基于外显子的RNA表观基因组测序数据分析

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基于外显子的RNA表观基因组测序数据分析

贾蒙等。 生物信息学. .

摘要

动机:片段化RNA免疫沉淀结合RNA测序使RNA表观基因组在近单碱基分辨率下的无偏见研究成为可能;然而,这种新型数据的独特特性需要新的计算技术。

结果:通过检测RNA表观基因组测序数据与两种研究充分的数据类型ChIP-Seq和RNA-Seq的联系,我们揭示了这种新数据类型的显著特征。相应地,对计算策略进行了讨论,并提出了一种新的数据处理管道,该管道将几种现有工具与新开发的基于外显子组的方法“外显子峰”相结合,用于检测、表示和可视化转录组上转录后RNA修饰位点。

可利用性:有关MATLAB软件包“exomePeak”和其他详细信息,请访问http://compgenomics.utsa.edu/exomePeak/。

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数字

图1。
图1。
基于外显子组的RNA表观基因组测序数据分析。()FRIP-Seq处理的管道。(b条)安姆6在Sirt1的终止密码子附近发现了一个位点,该位点有两个RefSeq亚型转录物。当投射到基因组中时,单个RNA峰被分成两个基因组位点。(c(c))对于3721个至少有1个m的蛋白编码基因6一个位点,至少10 kb外显子,只有一个RefSeq转录本,56.3%(9228中的5195)m6A位点与mRNA上的终止密码子的距离在1kb以内

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引用人

工具书类

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