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.2013年5月15日；29(10):1325-32.
doi:10.1093/bioinformatics/btt113。 Epub 2013年3月11日。

EDAM：生物信息学操作、数据类型和标识符、主题和格式的本体

乔恩·伊森 1, 马图斯·卡拉斯, 英格·乔纳森, 丹·博尔泽, 马赫穆特·乌卢达格, 哈米什·麦克威廉, 詹姆斯·马龙, 罗德里格罗裴兹, 史蒂夫·佩蒂弗, 彼得·莱斯
附属公司

EDAM：生物信息学操作、数据类型和标识符、主题和格式的本体

乔恩·伊森等。 生物信息学. .

摘要

动机：推进生物信息学工具和资源的搜索、发布和集成需要一致的机器可理解描述。因此，需要一个允许此类描述的综合本体。

结果：EDAM是生物信息学操作（工具或工作流功能）、数据类型和标识符、应用领域和数据格式的本体。EDAM支持各种实体的语义注释，如生物信息学中的Web服务、数据库、程序库、独立工具、交互式应用程序、数据模式、数据集和出版物。EDAM适用于组织和查找合适的工具和数据，并将其自动化集成到复杂的应用程序或工作流程中。它包含2200多个定义的概念，并已成功用于注释和实现。

可利用性：EDAM的最新稳定版本以OWL格式提供http://edamontology.org/EDAM.owl以及海外建筑运营管理局格式http://edamontology.org/EDAM.obo。它可以在NCBO BioPortal和EBI本体查找服务上在线查看。有关文档和许可证，请参阅http://edamontology.org。本文介绍了1.2版，可从http://edamontology.org/EDAM_1.2.owl。

联系人：jison@ebi.ac.uk。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
主要EDAM子本体的组织以及EDAM概念之间明确维护的关系
图2。
图2。
EDAM语义注释的信息模型草图。(一)与SAWSDL标准（Kopecky）相对应的工具注释模型等。, 2007). 至少到目前为止，标准化工具元数据的信息模型超出了EDAM的范围。(b条)DRCAT中使用的数据资源注释的类似模型。请注意，查询始终（隐式）具有数据检索定义数据库元数据的信息标准属于BioDBCore倡议（Gaudet）的范围等。, 2011)
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